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  • KEGG pathway注释过程

    KEGG mapper:

    输入:cufdiff生成的差异基因列表(log2fold_change的绝对值>1, pvalue<0.01)

    目的:在KEGG网站中,利用KEGG mapper工具进行pathway注释。

    过程:

    1. ID转换:将gene symbol转换为uniprobID

      方法:利用uniprot网站的工具。网址:https://www.uniprot.org/uploadlists/

      步骤:

        1)准备gene symbol列。只需这一列即可。

        2)选择“gene name” 转换成“UniProt”。点击submit。

        3)将转换完成的数据,进行筛选(物种:人,鼠;是否reviewed)。下载筛选后的数据。

      问题:

        1)该网站在我的linux系统上显示错误,有很多按钮无法显示。只能利用其它的window系统实现转换。

        2)该网站不能对4000+个genesymbol进行转换。我输入2950个gene symbol后,第一次转换失败;第二次转换成功。

    2.KEGG pathway注释:

      方法:将uniprot ID输入KEGG mapper的列表中(需添加color列),点击exec。

      步骤:

        1)网页的“Organism-specific”,需要输入正确。点击旁边的按钮可以查找物种的缩写。(我在此花费了许久)。人:hsa;鼠:mmu

        2)网页的“Optional use of outside ID”,选择UniProt。

        3)点击Exec即可。

     搜索pathway的方法:

    在KEGG中,搜索某个pathway的方法:https://www.kegg.jp/kegg/pathway.html

    ”Enter keywords “部分输入要搜索的关键字,比如“hippo”;点击Go。即得到搜索的信号通路。

    KEGG有各种类型的数据库;

        

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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/zypiner/p/11690064.html
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