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  • 结合自己做过的数据,对cosmic signature理解

    分析WGS的mutation时,我用pyclone将mutations聚成了四类。我试图解释每一类的含义,比如:致病的变异、耐药的变异、治疗敏感的变异....

    cosmic signature呢,每个样本都有96个signature的信息,假设有10000个样本。用NMF或PCA将这些聚成了30类,即30个signatue。

    然后,寻找每个signature与什么表型有关系。比如:已知aging的signatue是什么样子的,看看这30个signature中哪一个与aging的signature像。则,找到的那一个就是aging的signatue。

    R包  destructSig。

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