M程序调试器的热键设置和VC的设置有些类似，如果用户有其他语言的编程调试经验，则调试M程序显得相当简单。因为它没有指针的概念，这样就避免了一大类难以查找的错误。
不过，M程序可能会经常出现索引错误，如果设置了 stop if error( Breakpoint 菜单下)，则程序的执行会停在出错的位置，并在MATLAB命令行窗口显示出错信息。下面列出了一些常用的调试方法。
（1）设置或清除断点：使用快捷键F12；
（2）执行：使用快捷键F5;
（3）单步执行：使用快捷键F10；
（4）step in：当遇见函数时，进入函数内部，使用快捷键F11；
（5）step out：执行流程跳出函数，使用快捷键 “shift + F11”;
（6）执行到光标所在位置：非常遗憾这项功能没有快捷键，只能使用菜单来完成这样的功能；
（7）观察变量或者表达式的值：将鼠标放在要观察的变量上停留片刻，就会显示出变量的值，当矩阵太大时，只显示矩阵的维数；
（8）退出调试模式：没有设置快捷键，使用菜单或者快捷按钮来完成；