1.需要安装XML
Cannot find xml2-config
https://stackoverflow.com/questions/7765429/unable-to-install-r-package-in-ubuntu-11-04
sudo apt-get update sudo apt-get install libxml2-dev
2.需要安装RCurl
Cannot find curl-config
ERROR: configuration failed for package ‘RCurl’
https://github.com/sagemath/cloud/issues/114
sudo apt-get install aptitude sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev sudo apt-get install libxml2-dev
可以解决。
3.安装pylr
https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/monocle.html
它所imports包包括pylr,但是pylr不支持4.0.3版本的R,就出现了矛盾,安装中断。那么关于monocle如何获取size factor还是从论文中去学习吧。
如果论文中没有的话,可以去GitHub上包中查看源码。