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  • 可以直接cat 多个fq.gz压缩文件

    案例描述:

    需要将Sample_test1_R1.fastq.gz和Sample_test2_R2.fastq.gz合并为test.fastq.gz

    操作方法1:

    先zcat再gzip

     zcat Sample_test_1.R1.fastq.gz Sample_test_2.R2.fastq.gz | gzip - > test.fastq.gz
    • 1

    操作方法2:

    直接cat

    cat Sample_test_1.R1.fastq.gz Sample_test_2.R2.fastq.gz > test2.fastq.gz
    • 1

    结果对比

    压缩文件大小

    ll test*.gz

    -rw-r–r– 1 An Lau 197121 1321311 6月 13 10:14 test.fastq.gz 
    -rw-r–r– 1 An Lau 197121 1321742 6月 13 10:15 test2.fastq.gz

    解压缩文件大小

    gzip -cd test.fastq.gz > test.fastq 
    gzip -cd test2.fastq.gz > test2.fastq 
    ll test *.fastq

    -rw-r–r– 1 An Lau 197121 7195186 6月 13 10:16 test.fastq 
    -rw-r–r– 1 An Lau 197121 7195186 6月 13 10:16 test2.fastq

    对比文件内容

    zcat Sample_test_1.R1.fastq.gz Sample_test_2.R2.fastq.gz | wc

    80000 100000 7195186

    wc test*.fastq

    80000 100000 7195186 test.fastq 
    80000 100000 7195186 test2.fastq 
    160000 200000 14390372 total

    总结

    虽然压缩文件大小不一样,应该是压缩率不同导致的, 
    但是不同方法出来的文件大小和内容都是一样的。 
    直接cat的速度肯定会比zcat … | gzip …快! 
    所有以后直接cat就可以了。

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