1、什么是 spike-in control
spike-in control 是指利用人为设计好的可以直接添加到待检样品中和这些样品一起参考文库构建、测序等工作的参照物序列进行标准化。这些参照物序列往往都是非人类的序列，或者是人造的序列，其中都含有一个特殊的分子标签（molecular barcode），借此可以分辨出哪些是参照物序列，哪些是待检品序列。
An RNA spike-in is an RNA transcript used to calibrate measurements in a DNA microarray experiment. Each spike-in is designed to hybridize with a specific control probe on the target array. Manufacturers of commercially available microarrays typically offer companion RNA spike-ins "kits".[1][2][3][4]
Known amounts of RNA spike-ins are mixed with the experiment sample during preparation. Subsequently the measured degree of hybridization between the spike-ins and the control probes is used to normalize the hybridization measurements of the sample RNA. (from wikipedia)
2、RNA spike-in
RNA spike-in 最开始是由 ERCC（External RNA Control Consortium）RNA外部质控组织开发的，有点类似于色谱中添加的标准品，以便定量分析，标化不同样品之间的 RNA counts —— 通过与已知浓度的对照进行比对，借助 RNA 测序的方法对基因表达进行定量分析。
这在单细胞 RNA 测序实验中尤为重要，因为单细胞实验中要求对数千个细胞 mRNA 数据进行比对，而每个细胞的 mRNA 的组成，以及实验的误差给实验结果带来的影响都差异极大。
通过加入定量的 RNA spike-in，便可以根据文库中 spike-in 占总 RNA transcripts 的比例估计出每一个细胞内 mRNA的含量。如果比例过高，则通常说明细胞 RNA 的含量较低，或者实验出了问题。这些比例高的数据也是在质量控制中需要剔除的。