木马和后门的查杀是系统管理员一项长期需要坚持的工作，切不可掉以轻心。以下从几个方面在说明Linux系统环境安排配置防范和木马后门查杀的方法：
一、Web Server（以Nginx为例）
1、为防止跨站感染，将虚拟主机目录隔离（可以直接利用fpm建立多个程序池达到隔离效果）
2、上传目录、include类的库文件目录要禁止代码执行（Nginx正则过滤）
3、path_info漏洞修正：
在nginx配置文件中增加：
if ($request_filename ~* (.*).php) {set $php_url $1; }if (!-e $php_url.php) {return 404; }
4、重新编译Web Server，隐藏Server信息
5、打开相关级别的日志，追踪可疑请求，请求者IP等相关信息。
二.改变目录和文件属性，禁止写入
find -type f -name *.php -exec chmod 444 {} ;find -type d -exec chmod 555 {} ;
注：当然要排除上传目录、缓存目录等；
同时最好禁止chmod函数，攻击者可通过chmod来修改文件只读属性再修改文件！
三.PHP配置
修改php.ini配置文件，禁用危险函数：
disable_funcions = dl,eval,exec,passthru,system,popen,shell_exec,proc_open,proc_terminate,curl_exec,curl_multi_exec,show_source,touch,escapeshellcmd,escapeshellarg
四.MySQL数据库账号安全：
禁止mysql用户外部链接，程序不要使用root账号，最好单独建立一个有限权限的账号专门用于Web程序。
五.查杀木马、后门
grep -r –include=*.php ‘[^a-z]eval($_POST’ . > grep.txtgrep -r –include=*.php ‘file_put_contents(.*$_POST[.*]);’ . > grep.txt
把搜索结果写入文件，下载下来慢慢分析，其他特征木马、后门类似。有必要的话可对全站所有文件来一次特征查找，上传图片肯定有也捆绑的，来次大清洗。
查找近2天被修改过的文件：
find -mtime -2 -type f -name *.php
注意：攻击者可能会通过touch函数来修改文件时间属性来避过这种查找，所以touch必须禁止
六.及时给Linux系统和Web程序打补丁，堵上漏洞