zoukankan      html  css  js  c++  java
  • Falcon安装

    1           安装需要准备:

    (1)Python2.7.9

    下载地址:https://docs.continuum.io/anaconda/install

    (2)pypeFLOW

    https://github.com/pb-jchin/pypeFLOW

    (3)DAZZ_DB

    https://github.com/pb-jchin/DAZZ_DB.git

    (4)DALIGNER

    https://github.com/pb-jchin/DALIGNER.git

    (5) FALCON

    https://github.com/PacificBiosciences/FALCON

    2           安装步骤

    2.1          Anaconda的安装:

    从上面的网址下载安装包2.2.0版本(对应的Python2.7.9)

    然后sh运行,

    点回车继续,

    出来一些说明点回车翻页(不能按太快),

    按回车太快的结果就是这样,不输入yes没法继续

    输入yes继续

    这是该输入新安装路径,输入你所想要的路径,回车继续,

    这就开始安装了,等他安装完自动退出,然后添加bin文件夹到环境变量就可以使用功能强大的anaconda了。

    2.2          Python虚拟环境创建

    使用 conda create -n your_env_name python=X.X(2.7、3.6等) anaconda 命令创建python版本为X.X、名字为your_env_name的虚拟环境。your_env_name文件可以在Anaconda安装目录envs文件下找到。

    虚拟环境激活

      Linux:  source activate your_env_name(虚拟环境名称)

      激活可能会比较慢

    虚拟环境关闭

      Linux: source deactivate

    虚拟环境删除

      使用命令conda remove -n your_env_name(虚拟环境名称) --all, 即可删除。

    删除虚拟环境中某一个包

      使用命令conda remove --name $your_env_name  $package_name 即可。

    对虚拟环境中安装额外的包

      使用命令conda install -n your_env_name [package]即可安装package到your_env_name中。

    2.3          pypeFLOW安装

    先打开Python虚拟环境,

    https://github.com/pb-jchin/pypeFLOW下载源码压缩包,

    Unzip解压,进入解压出来的文件夹(通常是这个文件夹pypeFLOW-master)

    输入python setup.py install,点回车运行。

    2.4          DAZZ_DB安装

    https://github.com/pb-jchin/DAZZ_DB.git下载源码,解压,解压出来的是DAZZ_DB-master,所以mv DAZZ_DB-master DAZZ_DB给他改名让他不当老师,因为后面的DALIGNER比较傲娇,对当了老师的DAZZ_DB非常不服直接报错。进入DAZZ_DB文件夹运行make对源码进行编译

    编译完成后将DBrm DBshow DBsplit DBstats fasta2DB等几个文件复制到我们刚才安装的anaconda/envs/your_env_name/bin目录下。

    2.5          DALIGNER安装

    https://github.com/pb-jchin/DALIGNER.git下载源码,解压,

    mv DALIGNER-master DALIGNER,进入DALIGNER文件夹make进行编译,

    复制daligner daligner_p DB2Falcon HPCdaligner LA4Falcon LAmerge LAsort到

    anaconda/envs/your_env_name/bin目录下。

    2.6          FALCON安装

    从https://github.com/PacificBiosciences/FALCON下载源码,

    解压,进入解压的文件夹sh运行travis.sh 进行安装,如果前面的步骤没出错的话就能顺利地安装。

    3           Falcon测试路径:/NJPROJ2/Plant/Assembly/reheman/reheman/falcon/test01

  • 相关阅读:
    SFTP的使用
    java操作文件的创建、删除、遍历
    ios UICollectionView滑动时操作
    IOS自带json解析类解析json
    IOS把文件保存进沙盒目录
    python3.4安装suds
    Lua for windows中SciTe开启支持python的方法
    修改tabbarcontroller选中图片及选中颜色
    Android新版本SDK打开旧版本项目报错解决
    PHP5.4连接sqlserver
  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/RandomRand/p/8253049.html
Copyright © 2011-2022 走看看