1 安装需要准备:
(1)Python2.7.9
下载地址:https://docs.continuum.io/anaconda/install
(2)pypeFLOW
https://github.com/pb-jchin/pypeFLOW
(3)DAZZ_DB
https://github.com/pb-jchin/DAZZ_DB.git
(4)DALIGNER
https://github.com/pb-jchin/DALIGNER.git
(5) FALCON
https://github.com/PacificBiosciences/FALCON
2 安装步骤
2.1 Anaconda的安装:
从上面的网址下载安装包2.2.0版本(对应的Python2.7.9)
然后sh运行,
点回车继续,
出来一些说明点回车翻页(不能按太快),
按回车太快的结果就是这样,不输入yes没法继续
输入yes继续
这是该输入新安装路径,输入你所想要的路径,回车继续,
这就开始安装了,等他安装完自动退出,然后添加bin文件夹到环境变量就可以使用功能强大的anaconda了。
2.2 Python虚拟环境创建
使用 conda create -n your_env_name python=X.X(2.7、3.6等) anaconda 命令创建python版本为X.X、名字为your_env_name的虚拟环境。your_env_name文件可以在Anaconda安装目录envs文件下找到。
虚拟环境激活
Linux: source activate your_env_name(虚拟环境名称)
激活可能会比较慢
虚拟环境关闭
Linux: source deactivate
虚拟环境删除
使用命令conda remove -n your_env_name(虚拟环境名称) --all, 即可删除。
删除虚拟环境中某一个包
使用命令conda remove --name $your_env_name $package_name 即可。
对虚拟环境中安装额外的包
使用命令conda install -n your_env_name [package]即可安装package到your_env_name中。
2.3 pypeFLOW安装
先打开Python虚拟环境,
从https://github.com/pb-jchin/pypeFLOW下载源码压缩包,
Unzip解压,进入解压出来的文件夹(通常是这个文件夹pypeFLOW-master)
输入python setup.py install,点回车运行。
2.4 DAZZ_DB安装
从https://github.com/pb-jchin/DAZZ_DB.git下载源码,解压,解压出来的是DAZZ_DB-master,所以mv DAZZ_DB-master DAZZ_DB给他改名让他不当老师,因为后面的DALIGNER比较傲娇,对当了老师的DAZZ_DB非常不服直接报错。进入DAZZ_DB文件夹运行make对源码进行编译
编译完成后将DBrm DBshow DBsplit DBstats fasta2DB等几个文件复制到我们刚才安装的anaconda/envs/your_env_name/bin目录下。
2.5 DALIGNER安装
从https://github.com/pb-jchin/DALIGNER.git下载源码,解压,
mv DALIGNER-master DALIGNER,进入DALIGNER文件夹make进行编译,
复制daligner daligner_p DB2Falcon HPCdaligner LA4Falcon LAmerge LAsort到
anaconda/envs/your_env_name/bin目录下。
2.6 FALCON安装
从https://github.com/PacificBiosciences/FALCON下载源码,
解压,进入解压的文件夹sh运行travis.sh 进行安装,如果前面的步骤没出错的话就能顺利地安装。
3 Falcon测试路径:/NJPROJ2/Plant/Assembly/reheman/reheman/falcon/test01