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一些Linux下的优秀软件，个人非常喜欢。都在Ubuntu14.04下测试过，其他Linux发行版应该也没多大问题。（vim等太过有名的神器就不列举了）
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terminator 大名鼎鼎，可以将窗口划分为多个终端
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Zim wiki 个人笔记工具，类似wiki的组织形式，还集成了dot，gunplot，可以将内容发布为html等。
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retext markdown，reStructuredText的编辑器，提供实时预览，可以导出为 html，ODT， pdf。（chrome插件 MaDe和StackEdit也可以编辑和预览markdown）。
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mendeley 文献管理工具，是以本地pdf为主的管理方式的最佳选择。其网站也会保存一个文献列表信息。能从pdf读取文章的信息，包括期刊、作者等。还支持将pdf自动分类重命名存储。支持pdf笔记和高亮。
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Synaptic 包管理器
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mupdf 很酷很简单的pdf阅读器，没有一个菜单，靠简单的几个快捷键操作。
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Okular 支持编辑、标注、高亮的pdf阅读器，算是Linux下功能比较强的了。是kde的，如果非kde桌面安装，可能需要200+M。
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moc music on console，终端音乐播放器，支持所有格式，启动命令为mocp
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NTFS-config 自动配置NTFS分区，支持读写权限，开机自动挂载
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keepassx 密码管理工具，简单实用
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midnight commander，双栏的文件管理器，类似命令行风格，其实也支持鼠标操作。和Total commander(windows 下)类似。。
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git
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SmartGithg 一个git Mercurial的gui，美观好用。非商业用户免费。解压即用，只需要配置好SMARTGIT_JAVA_HOME系统变量即可
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easyTag 可以修改音频文件的tag（ID3v1, ID3v2）的编码，这样就可以解决中文音乐歌名乱码的问题。像moc等读取tag获取歌名的播放器都可以配合使用。
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shutter 截图工具。可以选择矩形、活动窗口、当前桌面、所有workspace、某个程序窗口。非常强大。
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kazam 截图、录屏软件。可以选择单个或多个屏幕，选择某个window，选择某个区域。录制的结果可以是无损或者h264，格式支持avi，mp4，jpeg等。关键是只有不到3M大小。
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Hamster indicator 记录自己的活动。
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VLC 完美的媒体播放器。可以在主页找到配置方案，从而播放x265视频
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SMplayer 和VLC一样，功能足够强大。对于一般用户，只是个人偏爱问题。
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spyder python的IDE，好用支出在于将编辑器、终端、API解析放在一起，提高效率。能够自动从APi中获取当前代码用到的模块、函数、类的信息，并显示在面板中，非常方便。
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wallch 壁纸管理工具，支持自动换壁纸，liveearth，时钟壁纸等
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comix 非常好用的看漫画工具，支持直接读取压缩包等常用功能。虽说2009以后没更新过，但用起来没任何问题。从其fork出一个mcomix，仍在维护，也可以尝试。
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fbreader 电子书阅读器，功能不错。可是字体需要配置下，默认字体不好看
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goldendict 加上下载的字典文件，配置上有道词典等在线网址，功能可以很强大。同样支持取词等。
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ImageMagick 图片处理、转化神器，有gui，有命令行接口，可编程调用
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LauncherFolders 。Ubuntu Unity launcher文件夹工具。
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meld 可视化的文件、目录比较和合并工具，并且和git等集成
以上纯属个人喜好，记录一下备忘。