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  • genefuse使用DNA数据检测融合基因神器

    # genefuse
    # 手头有一批DNA数据,打算进行基因融合分析
    # Google搜罗一番,发现都是基于转录组RNA数据的
    # 好不容易找到一款基于DNA数据,genefuse!在GitHub,anaconda都有源代码包
    # 软件原网址:
    # https://github.com/OpenGene/genefuse
    # genefuse直接基于fastq文件分析,所以你只要准备好fastq.gz文件就可以

    # 安装
    conda install -c bioconda genefuse
    
    # 使用
    genefuse --ref /biodata/pipeline/TUMOR/database/hg19/hg19.nonhap.fa 	 
    # 参考基因组,这里使用hg19也就是Grh37
     --fusion /biodata/pipeline/TUMOR/yln-test/genefuse/GeneFuse/genes/druggable.hg19.csv 		
     # druggable.hg19.csv是软件自带的基于hg19基因组的全部可用药靶点的文件,
     # 此外,还有cancer.hg19.csv,是整理了来自COSMIC数据库的全部已经实验验证的与癌症相关的基因融合,良心!
     # druggable.hg19.csv比cancer.hg19.csv包含的基因数目小,所以跑起来更快,速度大概相差5倍
     --read1 NG19-GXH0818-FFPE_S3_R1_001.fastq.gz 		# 双端测序的序列1
     --read2 NG19-GXH0818-FFPE_S3_R2_001.fastq.gz 		# 双端测序的序列2
     --html ${sample_id}.html > ${sample_id}.html		#输出结果,可以选择html,json两种格式
    
    
    
     # 当然,也可以针对自己感兴趣的基因配置fusion file,使用软件自带的脚本:gen_fusion_file.jl
     # 需要提供:自己感兴趣基因列表(使用空格或者换行符分隔,注意linux,windows换行符不一样)
    julia scripts/gen_fusion_file.jl -r hg19 -g genes.txt -f fusion.csv
    

      # 这个软件真是太好用了!

    May we all proceed with wisdom and grace. https://www.cnblogs.com/YlnChen/
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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/YlnChen/p/12724846.html
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