正在执行的程序为执行该程序的初始（或主）线程维护一个主堆栈，并为每个从属线程维护不同的堆栈。堆栈是临时内存地址空间，用于保留子程序或函数引用调用期间的参数和自动变量。如果线程堆栈的大小太小，则可能会出现堆栈溢出，从而导致无提示数据损坏或段故障。
使用 f95 -stackvar 选项编译 Fortran 程序会强制在堆栈中分配局部变量和数组，就好像它们是自动变量。显式并行化的程序暗指对 OpenMP 程序使用 -stackvar，因为该选项可提高优化器将循环中的调用并行化的能力。（有关 -stackvar 标志的讨论，请参见 Fortran 用户指南。）但是，如果为堆栈分配的内存不足，该使用会导致堆栈溢出。
使用 limit C-shell 命令或者 ulimit Bourne 或 Korn shell 命令可显示或设置初始线程（或主线程）的堆栈大小。一般而言，初始线程的缺省堆栈大小为 8 MB。
OpenMP 程序的每个从属线程均具有其自身的线程堆栈。此堆栈模拟初始（或主）线程堆栈，但对于线程是唯一的。线程的 PRIVATE 数组和变量（对于线程是局部的）在线程堆栈中分配。在 32 位 SPARC V8 和 x86 平台上，缺省大小为 4 MB；在 64 位 SPARC V9 和 x86 平台上，缺省大小为 8 MB。从属线程堆栈的大小通过 OMP_STACKSIZE 环境变量来设置。