一个R包(IntAssoPlot)，LocusZoom图、连锁不平衡图和基因结构图一步到位

最近，看到Front. Genet.发了一篇文章“IntAssoPlot: An R Package for Integrated Visualization of Genome-Wide Association Study Results With Gene Structure and Linkage Disequilibrium Matrix”，主要推出了一个R包IntAssoPlot，该包整合了LocusZoom图、连锁不平衡图（LD）和基因结构信息。

往常画LocusZoom图和连锁不平衡图（LD）时需要提取相同的起始、终止位置，再分别用LocusZoom网站和haploview软件画。步骤多，画起来麻烦，关键画完以后还需要将他们拼在一起（看起来就不是很专业）。

IntAssoPlot包的优点是直接一步出图。

下载、安装很简单：

install.packages(c("ggplot2","ggrepel","reshape2"))
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(c("SNPRelate","gdsfmt"))
library(remotes) # version 2.1.0
#install_github("whweve/IntAssoPlot")
install_github("whweve/IntAssoPlot",build=TRUE,build_vignettes = TRUE)

下面是IntAssoPlot包的示例数据展示：

library("IntAssoPlot")
example("IntGenicPlot")
example("IntRegionalPlot")

画出来的基因结构、LD图、关联图如下所示：

LD图和LocusZoom图：

下面是这个包的代码参数使用，作者很贴心的写好了：

以下是上面代码画出来的效果图：

写完这篇推文的时候，挺感慨的。有需求、有想法就可以成就一个包、一篇文献。