一般的一个可执行文件的内容都包含一个PE头，系统根据PE的信息找到入口函数，通过执行入口函数中的代码来执行可执行程序。托管程序的文件相对于非托管程序还包含了一个CLR表头文件以及其他CLR需要的信息。
1.非托管程序的执行过程
在非托管程序中，可执行里面保存的是机器代码，CPU可以直接加载并执行，当系统加载了可执行程序后，系统就将可执行文件的段基址加上偏移地址形成实际的物理地址，并直接加载到内存中运行。
2.托管程序的执行过程
托管程序的可执行文件中，包括是中间语言以及元数据，当然不能直接运行，必须启动CLR，由CLR对中间语言进行即时编译机器代码，并加载到内存里面执行（具体过程“程序在进入入口函数前会提前跳转到MSCoree.dll中，调用它的代码来启动CLR并完成一些初始化工作）。当然，IL中的方法并不是每次被调用都会被编译一次，而是它只有在第一次调用时才进行编译，即时编译会将方法名称以及对应的入口存放在映射表中，当下次调用该方法时，会直接从映射表里去而不是再编译一次。