锁定读（locking read）、更新（UPDATE）或删除（DELETE）通常会在SQL语句处理过程中扫描的每个索引记录上设置记录锁。语句中是否存在排除行的WHERE条件并不重要。InnoDB不记得确切的WHERE条件，而只知道哪个索引范围被扫描。这些锁通常是next-key锁，它还会阻止在记录之前插入“间隙”。然而，间隙锁（gap lock）可以被显式禁用，这会导致不使用next-key锁。
如果在检索中使用了二级索引，并且要设置的索引记录锁是排它的，则InnoDB也会检索相应的聚集索引记录并在它们上设置锁。
执行SQL语句时，如果没有找到可用的索引，MySQL必须扫描整个表来处理该语句，这样的话表的每一行都会被锁定，从而阻塞其他用户对表的所有插入。因此，创建良好的索引非常重要，这样可以避免扫描许多不必要的行。
InnoDB设置特定类型的锁，如下所示：
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SELECT ... FROM 是一致读，读取数据库快照，除非将事务隔离级别设置为SERIALIZABLE，否则不设置锁。对于SERIALIZABLE级别，检索会在遇到的索引记录上设置共享的next-key锁。但是，对于使用唯一索引来搜索唯一行的语句，只需要一个索引记录锁。
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对于 SELECT ... FOR UPDATE 或者 SELECT ... LOCK IN SHARE MODE ，对扫描的行加锁，并对不符合结果集中包含条件的行（例如，如果它们不满足WHERE子句中给出的条件）释放锁。
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SELECT ... LOCK IN SHARE MODE 在所有遇到的索引记录上设置共享的next-key锁。但是，对于使用唯一索引来搜索唯一行的语句，只需要一个索引记录锁。
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SELECT ... FOR UPDATE 在搜索遇到的每个记录上设置排它的next-key锁。但是，对于使用唯一索引来搜索唯一行的语句，仅需要索引记录锁定。
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UPDATE ... WHERE ... 在搜索遇到的每个记录上设置排它的next-key锁。但是，对于使用唯一索引来搜索唯一行的语句，仅需要索引记录锁定。
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DELETE FROM ... WHERE ... 在搜索遇到的每个记录上设置排它的next-key锁。但是，对于使用唯一索引来搜索唯一行的语句，仅需要索引记录锁定。
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INSERT 在插入的行上设置排他锁。该锁是索引记录锁，不是next-key锁（即没有间隙锁），并且不会阻止其他会话插入到插入行之前的间隙中。
举个例子，假设有一张表t1，结构如下：
CREATE TABLE t1 (i INT, PRIMARY KEY (i)) ENGINE = InnoDB;
再假设，有三个会话操作顺序如下：
Session 1：
START TRANSACTION;
INSERT INTO t1 VALUES(1);
Session 2：
START TRANSACTION;
INSERT INTO t1 VALUES(1);
Session 3：
START TRANSACTION;
INSERT INTO t1 VALUES(1);
Session 1：
ROLLBACK;
首先Session1获得i=1这一行的排它锁，接下来Session2和Session3由于主键重复只能请求获取该行的共享锁，由于行上已经有排它锁，因此Session2和Session3请求的共享锁不能被立即授予。再接着，Session1回滚，行上的排它锁被释放，于是Session2和Session3在该行上都持有共享锁，此时，死锁发生了，由于对方持有的共享锁，任何一方都不能获得该行的排它锁。
下面这组操作也是类似：
Session 1：
START TRANSACTION;
DELETE FROM t1 WHERE i = 1;
Session 2：
START TRANSACTION;
INSERT INTO t1 VALUES(1);
Session 3：
START TRANSACTION;
INSERT INTO t1 VALUES(1);
Session 1：
COMMIT;
和前面的情况类似，Session1提交以后，Session2和Session3请求该行上的共享锁被立即授予，此时它们再请求获取排它锁时就出现死锁了，因为共享锁被另一个事务持有。
补充： 聚集索引与辅助索引
clustered index （译：聚集索引、聚簇索引）
secondary index （译：二级索引、辅助索引）
每个InnoDB表都有一个特殊的索引，称为聚集索引，用于存储行数据。通常，聚集索引与主键是同义词。为了从查询、插入和其他数据库操作中获得最佳性能，必须了解InnoDB如何使用聚集索引来优化每个表的最常见的查找和DML操作。
Typically, the clustered index is synonymous with the primary key.
通常，“clustered index” 和 “primary key” 是一个意思。
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当你在表上定义一个PRIMARY KEY时，InnoDB将它用作聚集索引。为创建的每个表定义一个主键。如果没有逻辑唯一的非空列或列集，请添加一个新的自动递增（auto-increment）列，其值将自动填充。
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如果你没有为你的表定义一个PRIMARY KEY，则MySQL会在所有键列都不为NULL的情况下找到第一个唯一索引，并且InnoDB使用它作为聚集索引。
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如果表没有主键或合适的唯一索引，InnoDB会在包含行ID值的合成列上内部生成一个名为GEN_CLUST_INDEX的隐藏聚集索引
通过聚集索引访问行非常快，因为索引搜索直接指向包含所有行数据的页。如果表很大，聚集索引体系结构通常节省磁盘I/O操作。
除了聚集索引之外的所有索引都称为二级索引。在InnoDB中，二级索引中的每条记录都包含该行的主键列，以及为二级索引指定的列。InnoDB使用此主键值在聚集索引中搜索行。
如果主键很长，则辅助索引将使用更多空间，因此具有主键较短是比较有利的。
With the exception of spatial indexes, InnoDB indexes are B-tree data structures. Index records are stored in the leaf pages of their B-tree or R-tree data structure. The default size of an index page is 16KB. Supported sizes are 64KB, 32KB, 16KB (default), 8KB, and 4KB.