吐槽下，这个问题纠结了很长时间，很是心累，百度了好多说的都不完整，也很分散，要么不全，要么阐述的不清楚，所以为了后续兄弟们不入坑，归纳下最全的如下：
1.两个版本的属性RemovePreviousVersion和DetectNewerInstalledVersion都设为True;（DetectNewerInstalledVersion这个属性意思自己百度了下，是指定在目标计算机上安装时是否检查有无应用程序的更新版本。 如果此属性设置为 True，并且在安装时检测到了更高的版本号，则结束安装），其实就是防止安装了高版本，再安装低版本问题的
2.两个版本的ProductCode不能相同，这个不用自己手动修改，下面会说;
3.两个版本的UpgradeCode必须相同;
4.部署项目属性中的Version必须大于旧版本; 这个就是打包项目，属性-Version必须大于上个打包的版本号，同时修改这个的时候，上面的ProductCode会自动修改，所以上面不用手动修改，如果你没修改这个，安装包开始是不提示那个已经有版本的错误了，但下一步后会提示已经有个最新版本，还是不能覆盖安装
5.新版本的程序集版本号要大于旧版本; 这个是我纠结最长时间的，因为好多作者解答中就没有这个，但这个是最关键的，不改这个，你看着安装包是正常覆盖安装了，结果项目生产的那些dll和exe根本就没覆盖，还是老的，日了狗了，没这个前面再好，也是白折腾。这个就是修改每个项目下Properties-AssemblyInfo文件最下面那个版本号，（有两个，我也没试是哪个，都改了），改了这个版本号后安装就会覆盖老的
6.配置信息Config.Xml文件保留的方法（部署项目中找到Config.Xml文件，然后在属性中将Permanent属性设置为True）
注释：Permanent指定卸载应用程序时是否移除文件，这个我没设置也可以用
7.关于dll注册问题，有些dll需要注册，安装的时候会提示让注册，这时可以dll右键属性--Register,注册属性：我们一般只用三种，vsdrfDoNotRegister：从不注册，vsdrfCOMRelativePath：注册需要注册的dll文件，vsdrfCOMSelfReg：注册ocx组件。
以上就是总结的覆盖安装的东西.
注意：
1.个人还遇到了个问题就是，在win10打包的，win7上不能卸载，win7打包的，两者都可以正常卸载