ThinkPHP基于MVC（Model-View-Controller，模型-视图-控制器）模式，不过均支持多层（multi-Layer）设计。
模型（Model）层：默认的模型层由Model类构成，但是随着项目的增大和业务体系的复杂化，单一的模型层很难解决要求，从3.1开始推出了多层Model的支持，设计思路很简单，不同的模型层仍然都继承自系统的Model类，但是在目录结构和命名规范上做了区分，例如在某个项目设计中需要区分数据层、逻辑层、服务层等不同的模型层，我们可以在项目的Lib目录下面创建Model、Logic和Service目录，把对用户表的所有模型操作分成三层：
数据层：Model/UserModel 用于定义数据相关的自动验证和自动完成和数据存取接口
逻辑层：Logic/UserLogic 用于定义用户相关的业务逻辑
服务层：Service/UserService 用于定义用户相关的服务接口等
而这三个模型操作类统一都继承Model类即可，这样对用户数据的操作就非常清晰，在调用的时候，也可以用内置的D方法很方便的调用：
D('User') //实例化UserModel
D('User','Logic') //实例化UserLogic
D('User','Service') //实例化UserService
对模型层的分层划分是很灵活的，开发人员可以根据项目的需要自由定义分层。
视图（View）层：由模板和模板引擎组成，在模板中可以直接使用PHP代码，模板引擎的设计会在后面讲述，通过驱动也可以支持其他第三方的模板引擎。视图的多层可以简单的通过目录区分，例如：
Tpl/default/User/add.html Tpl/blue/User/add.html
控制器（Controller）层：ThinkPHP的控制器层由核心控制器和业务控制器组成，核心控制器由系统内部的App类完成，负责应用（包括模块和操作）的调度控制，包括HTTP请求拦截和转发、加载配置等，业务控制器则由用户定义的Action类完成。3.1版本开始增加了多层业务控制器的支持。其实现原理和模型的分层类似，例如业务控制器和事件控制器：
Action/UserAction //用于用户的业务逻辑控制和调度 Event/UserEvent //用于用户的事件响应操作
UserAction负责外部交互响应，通过URL请求响应，例如 http://serverName/User/index,而UserEvent 负责内部的事件响应，并且只能在内部调用
A('User','Event');
所以是和外部隔离的。多层控制器的划分也不是强制的，可以根据项目的需要自由分层。控制器分层里面可以根据需要调用分层模型，也可以调用不同的目录的视图模板。
同时，R方法也可以支持多层控制器的调用了，增加了第三个参数表示控制器的层名称，例如：
R('User/register',array(15),'Event');
表示调用UserEvent控制器的register方法，并传入参数15.
在MVC三层中，ThinkPHP并不依赖M或者V，甚至可以只有C或者只有V，这个在ThinkPHP的设计里面是一个很重要的用户体验设计，用户只需要定义视图，在没有C的情况下也能自动识别。