1）BED文件
BED 文件(Browser Extensible Data)格式是ucsc 的genome browser的一个格式 ,提供了一种灵活的方式来定义的数据行，以用来描述注释信息。BED行有3个必须的列和9个额外可选的列。每行的数据格式要求一致(见下图)。 每条线的字段数目必须是任意单条数据的在注释上一致。
BED文件结构：
-------------------------------------------------------------必须有以下3列------------------------------------------------------------------------
chrom :即染色体号
chromStart :即feature在染色体上起始位置 。在染色体上最左端坐标是0
chromEnd :即feature在染色体上的终止位置。例如一个染色体前100个碱基定义为chromStart=0, chromEnd=100, 跨度为 0-99.
----------------------------------------------------------------可选9列-------------------------------------------------------------------------------
name ：feature的名字 ，在基因组浏览器左边显示；
score ：在基因组浏览器中显示的灰度设定，值介于0-1000；
strand ：定义链的方向，''+” 或者”-”
thickStart ：起始位置(例如，基因起始编码位置）
thickEnd ：终止位置（例如：基因终止编码位置）
itemRGB ：是一个RGB值的形式, R, G, B (eg. 255, 0,0), 如果itemRgb设置为'On”, 这个RBG值将决定数据的显示的颜色。
blockCount ：BED行中的block数目，也就是外显子数目
blockSize：用逗号分割的外显子的大小, 这个item的数目对应于BlockCount的数目
blockStarts ：用逗号分割的列表, 所有外显子的起始位置，数目也与blockCount数目对应
2)bed和gff之间的关系
前面已经讲过GFF格式，用UCSC Genome Browser可以将两者进行可视化比较。 Bed文件和GFF文件最基本的信息就是染色体或Contig的ID或编号，然后就是DNA的正负链信息，接着就是在染色体上的起始和终止位置数值。
两种文件的区别在于，BED文件中起始坐标为0，结束坐标至少是1；GFF中起始坐标是1而结束坐标至少是1。
4) 参考资源
http://www.360doc.com/content/18/0329/22/19913717_741376781.shtml
https://blog.csdn.net/herokoking/article/details/79276513
https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1