KEGG PATHWAY

KEGG PATHWAY Database

KEGG PATHWAY 数据库是一个手工画的代谢通路的集合，包含以下几方面的分子间相互作用和反应网络：

1.新陈代谢

2.遗传信息加工

3.环境信息加工

4.细胞过程

5.生物体系统

6.人类疾病

7.药物开发

PATHWAY的五种类型

仅仅第一种参考通路(reference pathway)图是手动画出来的，其他的通路图都是通过计算产生的。pathway中的每一个框(或线)都对应一个或多个K编号、EC编号及R编号。

·map -Reference pathway

对于代谢相关的通路，在referencepathway中，一个点同时表示一个基因、这个基因编码的酶及这个酶参加的反应

·ko -Reference pathway (KO)

ko通路中的点只表示基因

·ec -Reference pathway (EC)

ec通路中的点只表示相关的酶

·rn -Reference pathway (Reaction)

Reaction通路中的点只表示该点参与的某个反应、反应物对及反应类型

·org- Organism-specific pathway map

对于所有的代谢和非代谢通路，K编号都被认为是基因的标识符，这个标识符在每一个物种中对应该物种中的某个基因，从而得到物种特异性的pathway。

 

 

第一类、reference pathway：根据已有的知识绘制的、概括的、详尽的具有一般参考意义的代谢图。通路图中的小框都是白色，方便个性化填充颜色，在KEGG中名字以map开头，节点代表某一基因、该基因编码的酶及这个酶参与的反应，比如map00010；

http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?map00010

第二类、species-specific pathway：物种特有代谢通路图。绿色小框为该物种特有的基因或酶，只有这些绿色的框有更详细的信息。KEGG中名字为特定物种种属英文缩写，比如人的糖酵解通路图，hsa00010。

鼠标指向绿色小框，会显示基因或酶的名字。指向白色框，没有反应。

http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?hsa00010

 

第三类、以ko/ec/rn开头的Reference pathway：ko通路中的节点只代表基因；ec通路中的节点只代表相关的酶；rn通路中的节点只表示该点参与的某个反应、反应物及反应类型。底色以蓝色表示。

例如同样是糖酵解代谢通路有三种类型：

http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?ko00010

http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?ec00010

http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?rn00010

代谢通路图中，一般就是酶，方框里面的数字代表EC编号；小圆圈代表代谢物，点开会出现C00668的信息，C代表compound，00668是这种化合物在KEGG中的编号。

具体官方解释如下（附链接）：

http://www.genome.jp/kegg/document/help_pathway.html

REF：

https://www.sohu.com/a/237066605_100199392