官网：http://subread.sourceforge.net/
Subread package: high-performance read alignment, quantification and mutation discovery
The Subread package comprises a suite of software programs for processing next-gen sequencing read data including:
- Subread: a general-purpose read aligner which can align both genomic DNA-seq and RNA-seq reads. It can also be used to discover genomic mutations including short indels and structural variants.
- Subjunc: a read aligner developed for aligning RNA-seq reads and for the detection of exon-exon junctions. Gene fusion events can be detected as well.
- featureCounts: a software program developed for counting reads to genomic features such as genes, exons, promoters and genomic bins.
- Sublong: a long-read aligner that is designed based on seed-and-vote.
- exactSNP: a SNP caller that discovers SNPs by testing signals against local background noises.
These programs were also implemented in Bioconductor R package Rsubread.
下载安装：
https://sourceforge.net/projects/subread/files/
解压完成即可使用，可执行程序在bin目录
wget https://jaist.dl.sourceforge.net/project/subread/subread-2.0.2/subread-2.0.2-Linux-x86_64.tar.gz
tar -zxvf subread-2.0.2-Linux-x86_64.tar.gz
cd subread-2.0.2-Linux-x86_64
cd bin
ls
五、软件使用：
基本表达式
featureCounts [options] <input.file>
参数说明
| 参数 | 说明 |
|---|---|
| input file | 输入的bam/sam文件，支持多个文件输入 |
| -a < string > | 参考gtf文件名，支持Gzipped文件格式 |
| -F | 参考文件的格式，一般为GTF/SAF，C语言版本默认的格式为GTF格式 |
| -A | 提供一个逗号分割为两列的文件，一列为gtf中的染色体名，另一列为read中对应的染色体名，用于将gtf和read中的名称进行统一匹配，注意该文件提交时不需要列名 |
| -J | 对可变剪切进行计数 |
| -G < string > | 当-J设置的时候，通过-G提供一个比对的时候使用的参考基因组文件，辅助寻找可变剪切 |
| -M | 如果设置-M，多重map的read将会被统计到 |
| -o < string > | 输出文件的名字，输出文件的内容为read 的统计数目 |
| -O | 允许多重比对，即当一个read比对到多个feature或多个metafeature的时候，这条read会被统计多次 |
| -T | 线程数目，1~32 |
| 下面是有关featrue/metafeature选择的参数 | 参数说明 |
| -p | 只能用在paired-end的情况中，会统计fragment而不统计read |
| -B | 在-p选择的条件下，只有两端read都比对上的fragment才会被统计 |
| -C | 如果-C被设置，那融合的fragment（比对到不同染色体上的fragment）就不会被计数，这个只有在-p被设置的条件下使用 |
| -d < int > | 最短的fragment，默认是50 |
| -D < int > | 最长的fragmen，默认是600 |
| -f | 如果-f被设置，那将会统计feature层面的数据，如exon-level，否则会统计meta-feature层面的数据，如gene-levels |
| -g < string > | 当参考的gtf提供的时候，我们需要提供一个id identifier 来将feature水平的统计汇总为meta-feature水平的统计，默认为gene_id，注意！选择gtf中提供的id identifier！！！ |
| -t < string > | 设置feature-type，-t指定的必须是gtf中有的feature，同时read只有落到这些feature上才会被统计到，默认是“exon” |
$ /home/software/subread-2.0.2-Linux-x86_64/bin/featureCounts -T 5 -t exon -g gene_id -a /path-to-gtf/ERCC.gtf -o /path-to-output/all.id.txt *.bam 1>counts.id.log 2>&1
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