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  • 参考基因组

    参考基因组版本命名

    参考基因组联盟(Genome Reference Consortium),它是由 NCBI,EBI,桑格研究所等机构组成。GRC 利用最佳的技术装配,纠正,增加基因组序列,以此作为在生信分析领域作为参考的基因组。

    人基因组官名叫 GRCh38 (Genome Reference Consortium Human Build 38),GRCh38 在UCSC基因组浏览器中还有个小名 hg38,这个小名对于大多数人来说是更亲切熟悉的。GRCh38 在 GenBank 中叫 GCA_000001405.15,在 RefSeq 中叫 GCF_000001405.26,虽然 GRC 组织建议在所有出版物和工具中使用该编号,但事实是前两种 GRCh38 和 hg38 对生信分析更常见。

    在不更改染色体坐标的情况下,向参考基因组添加或替换新序列,这种打补丁的方式,会在基因组版本后加 .p (patch)来命名。

    举个例子,GRCh38 的第九个补丁,正式版本叫做 Genome Reference Consortium Human Build 38 patch release 9,简称 GRCh38.p9。在 GenBank 编号为 GCA_000001405.24,RefSeq 编号为 GCF_000001405.35。在 Ensemble 编号为 GRCh38,NCBI 编号为 GRCh38。


    1、常用人参考基因组对应表
     

     

    根据 GRC 官网信息,GRCh39 大版本将会无限停更,他们在考虑用新模型和序列来构建人类的参考基因组,细节不清楚,猜测有可能会有泛基因组内容。


    2、常用小鼠参考基因组对应表
     


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    原文链接:https://blog.csdn.net/u011262253/article/details/117486244

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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/emanlee/p/14878067.html
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