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1. Histology
将准备好的新鲜冷冻组织切片放置于空间转录组芯片上。每个细胞中的RNA分子都包含着基因表达的信息。组织切片成像，以检索组织学信息。这样就可以看到一个细胞或一组细胞在组织中的位置。
2. The Array
空间转录组芯片上含有上千个捕获的spot，这些捕获探针的 Poly-T 尾可以结合RNA分子的 Poly-A 尾。这些阵列的排列顺序就像一个棋盘，带有相同身份条形码（barcode）的探测位于同一个正方形中。这样就可以确定每个捕获探针及其结合RNA的来源。
3. Tissue Fixation
组织切片固定。该芯片包含一个与组织切片一起成像的视觉可检测框架。这使得在后续步骤中覆盖细胞组织图像和基因表达数据成为可能。
4. Permeabilisation
用我们的渗透试剂对组织进行渗透，这意味着在细胞膜上形成小孔。RNA分子可以通过这些通道离开细胞，并与芯片上相邻的捕获探针结合。因此，基因表达信息被捕获在芯片上。需要通过以下步骤将捕获的RNA分子中存储的信息转换为数据。
5. cDNA Synthesis
cDNA合成是为了创造稳定的双链DNA分子。这是必要的，因为cdna - rna -杂交体的降解速度很快。此外，这是构建可测序文库之前的必要步骤。
6. Library Preparation
cdna - rna -杂交体从芯片上分离出来，然后建库。这意味着分子在某种程度上进行了修改，使之能够通过测序仪器读出它们编码的信息。
7. Massively Parallel Sequencing
创建的库是有序的。因此，关于捕获的RNA编码的基因和RNA来自组织的哪里的信息被提取出来。这些数据在云中存储和分析。
8. Data Visualisation
在最后一步中，所有之前收集的信息都被汇集起来，可以在线访问。这意味着在实践中，您可以查看组织切片的图像并选择组织中的不同区域。然后你可以确定哪些基因在这些区域中以什么数量表达。因此，你可以在一个单一的实验中进行广泛的新分析。
https://www.jianshu.com/p/a7b0b7f3494e
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组织透化是指将组织切片放置在含有与RNA结合捕获探针的载玻片上,固定染色后，通过透化酶处理的方式,使细胞中的mRNA释放并结合到相应的捕获探针上从而获取基因表达信息。这个过程需要对透化时间进行一个很好的把控，透化时间不够，mRNA无法充分释放出来;透化时间过长，mRNA可能会扩散到附近区域，影响分析结果的准确性。根据实验人员的操作手法、组织类型、切片厚度等因素不同，最佳透化时间也不尽相同。因此在正式的组织透化实验之前，通常需要对组织进行透化优化，以确定最佳透化时间。
http://www.novelbio.com/blog/c1/51.html
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将组织切片贴合在带有mRNA结合捕获探针的载玻片上，通过甲醛固定、H&E染色并拍照得到组织切片的形态结构。再进行透化处理，使细胞中的mRNA释放，并结合到芯片相邻的捕获探针上。将捕获的mRNA反转录合成cDNA并构建测序文库进行上机测序，从而获取基因表达信息。
http://www.novelbio.com/blog/c1/44.html