将电子商务系统与后台系统相集成可帮助公司更充分地了解网络客户，并利用自动化来降低交易处理的成本。
企业与客户、伙伴及供应商的每一次互动都会增添新的数据轨迹，根据专家的预测，在若干年内，企业网络与数据库中的信息储存量将超过100TB。
造成这种数据爆炸的一大源头即全球在线交易量的激增。在线交易的快速成长簇生了对与后勤办公室系统之间更好协同的需求。IT集成商也开始致力于整合多个关键系统，比如企业资源计划(ERP)、客户关系管理(CRM)与传统的电子商务解决方案相集成。
通过平台整合，例如支付处理等动作都能通过自动化交易系统而得到大幅的改善，同时加强企业在内部及外部(商业伙伴与客户)之间共享信息的能力。
在线支付与汇聚
如今B2B及B2C领域的在线支付手段已不再局限于简单的信用卡交易。新技术推动了多种在线支付服务方式，客户在支付过程中也无需再暴露信用卡或银行帐号。研究表明，通过非集成系统来处理订单的人力成本介于5美元至16美元之间，这一成本不可谓不高。而如果将ERP及CRM与支付处理系统相集成，不但可以降低订单处理成本，而且对企业整体运营成本及竞争优势都有助益。
通过自动化系统，网站浏览者的采购习惯、支付方式、购物车放弃率和用户界面体验等有用信息都可被收集并分析，以改善销售绩效。比如某家优秀的在线零售商就通过降低物流成本而将销售额提高了40%，因为他们知道，物流成本在客户眼中也是一大重要的考虑因素。
此外，当基于网络的支付流程与ERP及CRM相集成后，企业更可实时、跨渠道地收集到诸如网络流量、销售报告、可用库存、促销和物流等富有价值的信息。比如以下流程就是将电子商务与ERP集成后的一种典型处理方式：
电子商务订单流入;
客户的信用卡授权支付，但尚未扣款;
电子商务系统验证信用卡身份，如无问题，订单会自动发送到ERP系统中;
ERP系统检查该客户有无逾期未付的货款，如没有，则订单会被发送到物流部;
ERP系统生成发票;
信息回传到电子商务系统，从客户信用卡中扣去货款，然后自动发货;
货物追踪信息被录入到电子商务系统，并且自动通知客户货已发出。客户可登录网页来实时追踪物流情形;
这一方式不但将最重要的内部商业流程加以简化，提供了同时处理大量交易的能力，并且还通过高度的用户互动，加强了客户关系。
在当前信息时代的背景下，企业如能有效将原始数据转换成可用信息，改善日常流程的运作，就可获取巨大的竞争优势。将电子商务与ERP、CRM等关键系统相集成，是一种提高部门之间的协同，增进客户服务，加强与关键参与者之间沟通的绝佳方式。但在实施过程中，也要注意到在升级现有系统，协调IT团队等方面的问题，并审慎选择一家具备丰富实施经验的系统集成商。