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  • 扩增子分析QIIME2-3数据导出Exporting data

    # 激活工作环境
    source activate qiime2-2017.8
    
    # 建立工作目录
    mkdir -p qiime2-exporting-tutorial
    cd qiime2-exporting-tutorial
    导出Feature/OTU表
    wget -O feature-table.qza https://data.qiime2.org/2017.7/tutorials/exporting/feature-table.qza
    qiime tools export 
      feature-table.qza 
      --output-dir exported-feature-table
    
    # 查看结果文件信息
    ls -l exported-feature-table/feature-table.biom
    导出的biom文件位于exported-feature-table文件夹中,名为feature-table.biom,可用biom程序对文件进行格式转换和分析
    导出进化树
    wget -O unrooted-tree.qza https://data.qiime2.org/2017.7/tutorials/exporting/unrooted-tree.qza
    qiime tools export 
      unrooted-tree.qza 
      --output-dir exported-tree
    less exported-tree/tree.nwk
    导出文件为exported-tree/tree.nwk,是标准树nwk文件
    导出与提取
    提取包括所有的信息文件,如下例中的feature表文件,结果即包括feature表,又包括生成此文件的相关软件版本信息,还有生成此文件所有步骤的文件说明。
    mkdir extracted-feature-table
    qiime tools extract 
      feature-table.qza 
      --output-dir extracted-feature-table
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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/freescience/p/7527031.html
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