Ubuntu 下安装AMBER10/AmberTools 1.2

Ubuntu 下安装AMBER10/AmberTools 1.2

1 准备工作

1.1
编译前系统需要安装fortran/c编译器，csh/patch，以及flex（做语义分析的）
sudo apt-get install gfortran g++ flex csh patch
如果你要用intel编译器，可能会麻烦些。新手呢，最好听从amber作者David Case的建议先用gnu的编译器

1.2
修改 .profile或.bashrc文件，定义AMBERHOME变量：
export AMBERHOME=/home/<FOO>/src/amber10   # 等号前后不能有空格！
<FOO> 是你的用户名

1.3
到src目录下解压:
cd ~/src/ 
tar -xjvf Amber10.tar.bz2
tar -xjvf AmberTools-1.2.tar.bz2

1.4
解压完成后在src上会生成amber10这个目录，也就是上面定义的AMBERHOME，进入这个目录下载bugfix并执行patch

cd $AMBERHOME
wget http://ambermd.org/bugfixes/10.0/bugfix.all
wget http://ambermd.org/bugfixes/10.0/apply_bugfix_all.x
chmod +x apply_bugfix_all.x
./apply_bugfix_all.x bugfix.all

上面是Amber10的

wget http://ambermd.org/bugfixes/AmberTools/1.2/bugfix.all -o bugfix.all_at_1.2
patch -p0 -N <bugfix.all_at_1.2

上面是AmberTools 1.2的

2 编译AmberTools 1.2

2.1 编译
执行configure_at以配置Makefile_at

./configure_at gcc

输出大概是（括号中的汉字是我的注释）：
----------------------------------------------------------------
Setting AMBERHOME to /home/liuzp/src/amber10


Testing the C compiler:
gcc  -march=pentium4 -m32 -o testp testp.c
OK

Obtaining the C++ compiler version:
g++ -v
The version is ../src/configure
4.4.1
[: 520: -lt: unexpected operator       （这个貌似有错误，其实没关系）
OK

Testing the g77 compiler:
g77 -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o testp testp.f
./configure_at: 538: g77: not found
./configure_at: 539: ./testp: not found
Unable to compile a Fortran program using g77 -O2 -fno-automatic -finit-local-zero
（因为Ubuntu 9.10 中没有为f77建立链接g77，不过没关系，它会用下面的gfortran）

Testing the gfortran compiler:
gfortran -O1 -fno-automatic -o testp testp.f
OK

Testing flex:
OK

Configuring netcdf; (may be time-consuming)

NETCDF configure succeeded.

The configuration file, config.h, was successfully created.

The next step is to type 'make -f Makefile_at'
----------------------------------------------------------------

照上面说的：
make -f Makefile_at  |& tee make.at.log    # 屏幕输出的同时还输出到.log文件便于检查
就开始编译喽，过程中可能会出现一个错误：
----------------------------------------------------------------
g++ -c -O2 -Wall -W -D_REENTRANT  -Ihttp://www.cnblogs.com/freelib -Ihttp://www.cnblogs.com/freelib -o  fortran.o   fortran.cpp
fortran.cpp: In function ‘void mort::write_ivalue(std::ostream&, const std::string&, const boost::any&)’:
fortran.cpp:19: error: ‘sprintf’ was not declared in this scope
fortran.cpp: In function ‘void mort::write_dvalue(std::ostream&, const std::string&, const boost::any&)’:
fortran.cpp:36: error: ‘sprintf’ was not declared in this scope
fortran.cpp: In function ‘void mort::write_svalue(std::ostream&, const std::string&, const boost::any&)’:
fortran.cpp:52: error: ‘sprintf’ was not declared in this scope
fortran.cpp: In member function ‘void mort::format::write(std::ostream&) const’:
fortran.cpp:133: warning: comparison between signed and unsigned integer expressions
fortran.cpp:138: warning: comparison between signed and unsigned integer expressions
fortran.cpp:145: warning: comparison between signed and unsigned integer expressions
fortran.cpp:153: warning: comparison between signed and unsigned integer expressions
make: *** [fortran.o] 错误 1
----------------------------------------------------------------
Google后发现这可能是gcc4.4.1检查语句较严所造成，这个帖子里Mark Williamson给出一个解决办法：

修改文件/src/gleap/mortsrc/common/fortran.cpp，在头上加入

#include <cstdio>

再次编译就可以通过了

2.2 测试
测试的目的是看Amber的计算结果是否受硬件/软件环境和编译器等的影响，方法很简单，计算一些例子同amber提供的“标准结果”比较，如果结果差异不大就算通过。至于计算哪些项目，amber已经全安排好了，就在test目录下的Makefile_at里

测试之前要手动修改一个小bug：
即 $AMBERHOME/bin/ 下 mopac.sh 中的一行:
<...>/amber10/bin/mopac >& FOR006
将 & 删除即可

再进入test目录，
cd $AMBERHOME/test
make -f Makefile_at test & tee testat.log 

就会运行一系列任务，如测试成功（计算结果与源码包中的一致）屏幕会显示“PASSED”，象这样：

==============================================================
Running test to ........
diffing XXXX.save with XXXX
PASSED
==============================================================

如果出现错误，会提前终止测试，比如：

cd antechamber/tp && ./Run.tp
./Run.tp:  Program error
make: *** [test.antechamber.hasG77] 错误 1

这种情况要进入相应目录，查看Run.XXX文件，直接在命令行一步步执行，通过输出结果找出出错原因。

如果输出中有“FAILED"字样，也不用着急，多数情况计算结果出入不大，这时AMBER有形如下面的提示：

FAILED (OK if gyration radius is about 7 or 8)

即如果你计算的结果在7和8之间都算正常

测试结束后在test目录下可能会多出一个 TEST_FAILURES.diff 文件，AMBER认为这些结果可能不对（possible FAILURE），不过似乎基本上出入很小，因为AMBER仅用dacdiff进行结果比较，无法分辨由于舍入误差引起的不同。
如果差异很明显，则需要了解该测试的具体功能，看是否真正出了问题。

可以用grep命令查看“出错”的情况：
grep FAIL  testat.log
这时我机器的结果：
   FAILED (OK if gyration radius is about 7 or 8)
FAILED (probably OK if energy is -115 to -125)
possible FAILURE:  check tp.mol2.dif
possible FAILURE:  check DGN.mol2.dif
打开生成的TEST_FAILURES.diff文件检查，发现这些计算结果是正常的。

3 编译串行版(serial)Amber10

3.1 编译
和上面类似，在src目录下先执行
./configure_amber gfortran
其中gfortran可以是其他fortran编译器，可用--help查看。c编译器应该和前面AmberTools用的一样，这里是gcc
再编译串行即单CPU版:
make serial |& tee make.serial.amber.log

3.2 测试
cd ../test
make test |& tee testamber.log
grep FAIL testamber.log 

possible FAILURE:  check gcg.dip.o.dif
possible FAILURE:  check mdout.jar.dif
possible FAILURE:  check first.pdb.dif
possible FAILURE:  check first.pdb.dif

打开生成的TEST_FAILURES.diff文件检查，上述四个结果也没有错误，其中第二个(mdout.jar.dif)结果为：
---------------------------------------
possible FAILURE:  check mdout.jar.dif
test/jar
87c87
< R1 = -85.000 R2 =  15.000 R3 =  15.000 R4 = 115.000 RK2 =5000.000 RK3 = 5000.000
---
> R1 =   0. R2 =  15.000 R3 =  15.000 R4 = 115.000 RK2 =5000.000 RK3 = 5000.000
---------------------------------------
貌似R1有问题，其实未必，可参考这里：

根据提示继续测试：
make test.serial.QMMM |& tee testamber.QMMM.log
---------------------------------------
possible FAILURE:  check nma_md.out.dif
test/qmmm2/pure_QM_MD_shake
160c160
<  Etot   =       -33.476  EKtot   =         7.896  EPtot      =       -41.372
---
>  Etot   =       -33.476  EKtot   =         7.896  EPtot      =       -41.373
164c164
<  PM3ESCF=       -41.372
---
>  PM3ESCF=       -41.373
---------------------------------------
结果也没问题，至此串行版AMBER安装完成。