Perl调用和管理外部文件中的变量（如软件和数据库配置文件）

编写流程时，有一个好的习惯是将流程需要调用的软件、数据库等信息与脚本进行分离，这样可以统一管理流程的软件和数据库等信息，当它们路径改变或者升级的时候管理起来就很方便，而不需要去脚本中一个个寻找再修改。

在shell编程中，我们可以通过source config.txt来获取配置文件config.txt中的变量。在Perl中，我们可以将这个功能编写为一个模块，以后就都可以拿来直接用了。

假设配置文件config.txt如下：

###########################
#######software path#######
###########################
codeml=/share/project002/bin/paml44/bin/codeml
formatdb=/opt/blc/genome/bin/formatdb
blastall=/opt/blc/genome/bin/blastall
muscle=/opt/blc/genome/bin/muscle

###########################
#######database path#######
###########################
go=/opt/blc/genome/go.fa
kegg=/opt/blc/genome/kegg.fa

针对配置文件，我们可以写一个名为Soft.pm的模块：

################################################
######This package contains the pathes of softwares and database
######You can modify the config.txt when the  path changed
################################################
package Soft;
use strict;
require Exporter;
our @ISA = qw(Exporter);
our @EXPORT = qw(parse_config);
##parse the software.config file, and check the existence of each software
################################################

sub parse_config{
        my ($config,$soft)=@_;
        open IN,$config || die;
        my %ha;
        while(<IN>){
                chomp;
                next if /^#|^$/;
                s/s+//g;
                my @p=split/=/,$_;
                $ha{$p[0]}=$p[1];
        }
        close IN;
        if(exists $ha{$soft}){
                if(-e $ha{$soft}){
                        return $ha{$soft};
                }else{
                         die "
Config Error: $soft wrong path in $config
";
                }
        }else{
                die "
Config Error: $soft not set in $config
";
        }
}
1;              
__END__         

保存后，在Perl脚本中即可使用该模块：

#! /usr/bin/perl -w
use strict;
use FindBin qw($Bin $Script);
use lib $Bin;
use Soft; #调用模块
......
my $config="$Bin/config.txt";
my $blastall=parse_config($config,"blastall");
......

以上是使用相对路径，如果是用绝对路径，如下：

#! /usr/bin/perl -w
use strict;
use lib '/path/soft/';
use Soft;
......
my $config="/path/soft/config.txt";
my $blastall=parse_config($config,"blastall");
......

Ref：https://blog.csdn.net/hugolee123/article/details/38647011