已知某基因组序列,染色体或scaffold ID顺序不定,想要对其按数字排序。 原顺序:
想要的排序结果:
使用bioawk,没有的话conda直接安装。
bioawk -c fastx '{print}' old.genome.fa | sort -k1,1V | awk '{print ">"$1;print $2}' >new.genome.fa
https://www.biostars.org/p/494201/