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  • 转录组差异表达分析工具Ballgown

     

    Ballgown是分析转录组差异表达的R包。

    软件安装:
    运行R,
    source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)
    biocLite(“ballgown”)
    R会自动安装Ballgown,及相应的依赖包。

    Ballgown的输入文件
    StringTie使用-B参数直接生成Ballgown的输入文件,Cufflinks的输出结果需要使用Tablemaker生成Ballgown的输入文件。
    一个有5个输入文件,分别是:
    e_data.ctab,外显子水平表达量;
    i_data.ctab,内含子水平表达量;
    t_data.ctab,转录本水平表达量;
    e2t.ctab,外显子与转录本的对应关系;
    i2t.ctab,内含子与转录本的对应关系。

    Tablemaker
    tablemaker -p 4 -q -W -G merged.gtf -o sample01_output sample_01/accepted_hits.bam
    -p 指定线程数
    -q 去冗余
    -W 运行模式是tablemaker,而不是Cufflinks模式
    -G 指定组装好的GTF文件,这个文件由cuffmerge生成
    BAM文件是最后一个参数,这个文件由Tophat生产

    运行Ballgown
    运行R
    载入Ballgown包
    library(ballgown)
    载入数据,并创建一个ballgown项目
    bg = ballgown(dataDir=’D:extdata’, samplePattern=’sample’, meas=’all’)
    指定分组,及重复样本数目:
    pData(bg) = data.frame(id=sampleNames(bg), group=rep(c(1,0), each=3))
    差异表达分析:
    stat_results = stattest(bg, feature=’transcript’, meas=’FPKM’, covariate=’group’)

    有些地方我写得不是很清楚,有一个英文的Tutorial写得非常好。
    https://github.com/alyssafrazee/ballgown

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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/jinhh/p/8032253.html
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