染色体共线性可视化

摘要

基因组组装质量的评估手段之一就是用现有的参考基因组和组装的基因组进行共线性分析，级别有全基因组的共线性分析和染色体级别的共线性分析，全基因组级别的共线性可以用circlize进行可视化，现在进行染色体级别的共线性分析可视化。

准备工作

• 用NUCMER进行染色体级别的比对

numcer --mum -p chr1 -t 20 chr1_g1.fasta chr1_g2.fasta

• 准备格式

show-coords -c -l chr1.delta > chr1.delta.coords

可视化

• LINKVIEW可视化

python LINKVIEW.py -t 2 -s --svg2png_dpi 1200 -k k_1.txt --no_dash --svg_width 2500 --chro_axis --chro_axis_density 2 -o chr1 chr1.delta.coords

三个基因组染色体之间的共线性可视化

• 比对

numcer --mum -p chr1_2 -t 20 chr1_g1.fasta chr1_g2.fasta
numcer --mum -p chr1_3 -t 20 chr1_g1.fasta chr1_g3.fasta

• 准备格式

show-coords -c -l chr1_2.delta > chr1_2.delta.coords
show-coords -c -l chr1_3.delta > chr1_3.delta.coords
cat chr1_2.delta.coords chr1_3.delta.coords > chr1.coords

• 可视化

python LINKVIEW.py -t 2 -s --svg2png_dpi 1200 -k k_1.txt --no_dash --svg_width 2500 --chro_axis --chro_axis_density 2 -o chr1 chr1.coords

出图