charmm_executable < charmm_script.inp > charmm_output.out
charmm –i 1.inp –o 1.out
RTF（residue topology file）：包含了成键和电荷信息。Charmm包含了核酸，磷脂、蛋白和糖类的标准RTF文件
PARM（Parameter File）：决定了能量：键长键角二面角力常数和范德华参数。Charmm包含了核酸，磷脂、蛋白、糖类和水的标准PARM文件
CRD（coordinates）：体系的标准笛卡尔坐标
PSF（protein structure file）：hold了成键和非键列表，键长键角二面角。对计算能量至关重要
标题必须有：
* This would be a short title
*
注释：
! this is a comment on a line by itself
结束：
Stop
蛋白，核酸，磷脂等的力场参数：
Charmm的力场参数要自行下载，放到输入文件所在文件夹下面供其调用https://www.charmm.org/charmm/showcase/news/new-protein-force-field/
小分子的力场参数：
1、通过amber的力场参数转化……………………blabla很难受！！但是，因为目前的任务是想把amber动力学之后的结构，用charmm来做计算，所以最好的方法是做力场转化。如果不转化的话，可能charmm的方法生成的小分子的原子类型之类的对不上，导致出错。（比如说加氢，amber是用的reduce，但是charmm我用的是gv保存的mol2）
2、charmm-gui（http://www.charmm-gui.org/?doc=input/ligandrm），提供了小分子的名字，可以自动生成其rtf文件和prm文件。PS：所用方法是CGenFF1.0版本。
3、直接用CgenFF（charmm小分子制作的标准方法，相当于antechamber）（https://cgenff.paramchem.org/initguess/#20181120_3/rg1.str）
（1）使用方法是先用gv保存分子的mol2文件，然后将mol2文件中的所有Ar替换为ar，在Molecule Name一行改为小分子的名字，然后导入分子，就可以直接生成。
（2）默认使用最新版本，目前的版本是2.2.0（使用的CgenFF版本是4.0）,可以选择使用1.0版本（使用的CgenFF版本是3.0.1），输出结果与charmm-gui结果是一样的。
如：全部使用1.0版本：
带有小分子的蛋白的动力学：
1、下载最新版本的蛋白质力场
2、下载与生成小分子相匹配的CGenFF力场，如：使用的CgenFF版本是2.2.0，则需要使用CgenFF的4.0版本。
3、下载水和离子的力场toppar_water_ions_namd.str
4、得到小分子力场my_ligands.str
5、读取参数文件和坐标
! read topology and parameter files
（1）With recent CHARMM force field releases, you can just read in the topology and parameter files as follows:
read rtf card name @TOPPAR/top_all36_prot.rtf
read param card flex name @TOPPAR/par_all36_prot.prm
read rtf card append name @TOPPAR/top_all36_cgenff.rtf
read para card flex append name @TOPPAR/par_all36_cgenff.prm
stream toppar_water_ions.str
（2）(optional) read in your own stream file:
stream my_ligands.str
! Read PSF and coordinates from file
（1）read psf card name all.psf
read coor card name all.crd
PS：可通过这个例子中的方法生成蛋白整体的psf和crd（https://www.charmmtutorial.org/index.php/Full_example）