氢键分析是我们在运行完分子动力学模拟之后，经常做的一种分析。然而，Amber教程目前给的氢键分析例子分析的结果不是很精确（如下式，计算残基101和1-100之间形成的氢键）。这是因为这样的命令，cpptraj会将：1-100的所有原子看成是氢键受体或氢键给体，而且只要距离和角度符合要求就会被输出，这就导致了一些“不正常”氢键的出现，例如有的是碳原子作为氢键给体，有的是氢原子作为氢键受体等等。
hbond donormask :101 acceptormask :1-100 out nhb1.dat avgout avghb1.dat
hbond donormask :1-100 acceptormask :101 out nhb2.dat avgout avghb2.dat
因此，我们需要将这行命令进行修改。一般认为氢键受体和氢键给体符合“FON”规则，及形成氢键受体和氢键给体两端的原子为氟原子、氧原子和氮原子。而且因为我们模拟的是生物大分子体系，“FON”规则基本囊括了所有的氢键。因此，我们需要为命令行指定“FON”，如下式，这样输出的氢键就十分准确了。
hbond donormask :101@F=,O=,N= acceptormask :1-100@F=,O=,N= out nhb1.dat avgout avghb1.dat
hbond donormask :1-100@F=,O=,N= acceptormask :101@F=,O=,N= out nhb2.dat avgout avghb2.dat
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