1 功能角度
weka是机器学习方面的工具（开源）。spss是数学工具（商业工具）。
具体的说，weka的主要功能是模式分类，或者模式识别或者回归。包括特征的降维（PCA），特征选择，训练模型以及对测试样本进行分类测试，几乎包含了机器学习中的所有常用分类器。当然还有聚类以及结果的图形可视化功能。
spss，侧重统计分析。包括基础的数学运算，联合分析，时间序列分析，多元尺度方法等，当然它也有决策树，神经网络等类似于机器学习中的分类器功能。
相同点是都具有数据的回归功能，但是weka包含了机器学习的大部分工具，而spss只有一两个分类器，更多的是统计分析。weka适合用于计算机或者自动化的学生，主要做机器学习，模式识别等领域。spss更适合用于数学系的学生，可以用于数学建模。
MATLAB，他的功能更强大基本包含了这二者的功能。weka的几乎所有功能MATLAB都有相应的工具包，此外它中文名是矩阵实验室，在数学建模上的功能也非常强大。其simulink工具箱在自动化中应用非常广泛。
2 适用情况
SPSS是傻瓜的软件，适合没有统计背景的人使用，只要输入数据就出来结果的，这个软件最重要的是社会学的人用。
MINITAB是质量管理的人用。
EXCEL所有的人都可以用，他有很多功能。
SAS是所有软件中可靠性最好的，也是最全面的软件，还可以自己继续二次开发还可以利用PERL，C，C++写好的程序转变成SAS内部函数，这是我最喜欢她的地方了。SPSS，MINITAB二次开发比较难。
MATLAB 什么都有，而你只能接受它，不能修改它。
R有很多人开发，很难保证各种方法的可靠性。
EVIEWS二次开发比较难，主要是经济学用，但是没有SAS的ETS好玩。
AMOS主要是处理SEM的，功能比SAS强大，他就是一个专业人员。
参考资料：
http://www.zhihu.com/question/20985683
http://bbs.pinggu.org/forum.php?mod=viewthread&tid=494859&page=1