Meta-analysis of GWAS | 原理 | 实例

TOC

Meta-analysis是什么？常用的工具有哪些？

深入Meta-analysis的统计学原理

Meta-analysis实例，输入输出分别是什么？

Meta-analysis注意事项，模型选择

关于Meta的在不同场景下的意思

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Meta-analysis是什么？常用的工具有哪些？

就是整合分析，大概是借鉴了医学里的meta分析，将不同的GWAS整合到一起，可以是同一个trait，也可以是几个类似的trait，比如psychiatry底下的几种disorders。

Meta-analysis allows for custom analyses of individual studies to conveniently account for population substructure, the presence of related individuals, study-specific covariates and many other ascertainment-related issues.

meta分析可以自定义整合多种数据，不同研究、不同群体、多种协变量的数据。

meta-analysis of summary statistics is as efficient (in terms of statistical power) as pooling individual-level data across studies, but much less cumbersome

meta分析最大的优势是直接提升了power

两个常用工具

two most commonly used meta-analysis software

• METAL (fixed-effect model) (https://genome.sph.umich.edu/wiki/METAL_Documentation) 
• METASOFT (random-effect model) (http://genetics.cs.ucla.edu/meta/) 

深入Meta-analysis的统计学原理

待续~

Meta-analysis实例，输入输出分别是什么？

参考下面的教程。

输入就是不同study的summary statistics结果。

输出也差不多，得到了P value-meta。

MarkerName      Allele1 Allele2 Freq1   FreqSE  Weight  Zscore  P-value Direction
rs217377        t       c       0.5930  0.0115  8027.00 0.863   0.388   -+++
rs4668077       a       g       0.1420  0.0441  8027.00 -0.054  0.957   ---+
rs16855496      a       g       0.9880  0.0000  4106.00 -0.092  0.9268  ???-
rs217386        a       g       0.4099  0.0672  8027.00 0.813   0.4162  ++++
rs2075070       a       g       0.5314  0.0316  8027.00 -1.138  0.2552  ---+
rs10187002      a       t       0.9890  0.0000  4106.00 0.099   0.9208  ???+
rs12785983      t       c       0.2946  0.0218  8027.00 -1.165  0.2441  +---

　　

Meta-analysis注意事项，模型选择

需要咨询一下老手，待续~

关于Meta的在不同场景下的意思

Meta的字面意思：Meta means about the thing itself. It's seeing the thing from a higher perspective instead of from within the thing, like being self-aware

Metadata is "data that provides information about other data"

在计算机里，meta就是描述数据的数据。

META是一种思想概念，一种抽象思维，用来描述数据的数据，比如有一张学生表，记录着学生的基本信息，我们通过表可以获取学生信息（数据），但是有时候也要得到表本身的信息数据（比如表结构信息：字段名称，字段数据类型，长度等信息），对于这种基础信息的描述，就会使用META的概念，使用META元数据来描述表本身。放到HTML中也是一样的，HTML用来描述网页信息，但是HTML自己也有一些信息（比如网页标题，网页描述，搜索关键字），这些信息也就称之为HTML META信息，并且HTML也定义了专门的META标签。

在医学里，meta就是荟萃分析。

Meta分析是对具有相同目的且相互独立的多个研究结果进行系统的综合评价和定量分析的一种研究方法。它不仅仅是搜集很多以往的研究成果，同时进行全面系统的质量评价，另外还要对符合条件的研究进行定量分析。

在微生物里，宏基因组学（Metagenomics），又称元基因组学。是以特定生境中的整个微生物群落作为研究对象，无需分离培养，直接提取环境样本DNA进行测序，研究环境微生物的群落结构、物种分类、系统进化、基因功能及代谢网络等，已广泛应用于微生物领域。

参考：

METAL: fast and efficient meta-analysis of genomewide association scans - 知名工具

METAL Quick Start - 教程非常明了

Genomic Relationships, Novel Loci, and Pleiotropic Mechanisms across Eight Psychiatric Disorders - 最新cell，8种disorder

Identification of ST3AGL4, MFHAS1, CSNK2A2 and CD226 as loci associated with systemic lupus erythematosus (SLE) and evaluation of SLE genetics in drug repositioning - 最全工具分析集

如何写医学META分析 - meta的起源

Interpreting Meta-Analyses of Genome-Wide Association Studies

A Subset-Based Approach Improves Power and Interpretation for the Combined Analysis of Genetic Association Studies of Heterogeneous Traits