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  • nextflow | nf-core | 生物信息流程

    还是跟小孩一样,喜欢玩,尤其是这种搭积木的游戏,其实真的没什么技术含量。

    但科研分析是反标准化的,如果你的paper只是pipeline出来的,那最多也就3分。

    有必要搭建流程吗?

    • 就一批小数据,那就随便搞,没必要标准化流程
    • 经常拿到新data,那就可以考虑一下了,一键执行很快乐
    • 公司级别的业务,持续产出data,那就必须搭建一个高质量的流程

    平常我们都是怎么写pipeline的?

    • 一个shell脚本串流程
    • BGI大公司的做法:拆分、标准化、API化

    为什么写pipeline很耗时间?

    • 安装工具
    • 搭建流程
    • 流程测试
    • 修复bug

    https://www.nextflow.io/

    作为researcher,pipeline这种东西,看懂别人的就行,真没必要耗费大部分精力去自己搭建和完善,除非你是真的想转行做技工了。

    找到自己的定位,明确自己的科学问题,协助发现有意义的生物学规律,发paper,申请funding,冲刺顶刊,不要玩物丧志。

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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/leezx/p/14768059.html
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