记录一些看文献过程中遇到的概念
基本概念
tumor、cancer和carcinoma的区别？【多读几遍，把逻辑关系理清楚】
肿瘤(tumor, neoplasm)是一群异常增生的细胞，可以是良性(benign)或是恶性(malignant) 的。良性肿瘤如常见的皮肤疣，还局限于原来位置，不会复发。而恶性肿瘤则会侵入周边组织，也会经由血液或淋巴系统散布(转移，metastasis)。只有恶性肿瘤被称为癌(cancer)，一般分为二群：实质固态瘤(solid tumor)与血液恶性疾病。实质固态瘤，依照癌症恶性细胞的来源，可区分成：上皮细胞癌(carcinoma)，如肺癌、胃癌、子宫颈癌….等；肉瘤(sarcoma)，如软体组织肉瘤、骨肉瘤….等[1]。血液恶性疾病则是指不正常增生的细胞来自白血球，可区分成：白血病(leukemia)、淋巴瘤(lymphoma)。癌症的发生常常是由于DNA突变所造成的，突变影响二类基因：致癌基因(oncogene)与肿瘤抑制基因(tumor suppressor gene)；还有致癌性病毒(tumor virus)的感染也是癌症的成因之一。本文的重点将先放在肿瘤(实质固态瘤)常见的相关分子检验[2, 3]；血液恶性疾病则静待下回分解。
prognostic value 预后价值
DNA copy gain
prognostic biomarker 预后生物标志
candidate therapeutic target
primary cancer tissues 原初癌症组织
para-carcinoma tissue 癌旁组织
衡量癌症的指标
serum AFP level
vascular invasion
poor tumor differentiation
advanced TNM stage
TNM staging system
A system to describe the amount and spread of cancer in a patient’s body, using TNM. T describes the size of the tumor and any spread of cancer into nearby tissue; N describes spread of cancer to nearby lymph nodes; and M describes metastasis (spread of cancer to other parts of the body).
TNM分期系统是国际上最为通用的肿瘤分期系统。
TNM分期系统中：1，T（“T”是肿瘤一词英文“Tumor”的首字母）指肿瘤原发灶的情况，随着肿瘤体积的增加和邻近组织受累范围的增加，依次用T1~T4来表示。2， N（“N”是淋巴结一词英文“Node”的首字母）指区域淋巴结（regional lymph node）受累情况。淋巴结未受累时，用N0表示。随着淋巴结受累程度和范围的增加，依次用N1~N3表示,3，M（“M”是转移一词英文“metastasis”的首字母）指远处转移（通常是血道转移），没有远处转移者用M0表示，有远处转移者用M1表示。在此基础上，用TNM三个指标的组合（grouping）划出特定的分期（stage）。
生存的疗效评价指标
1) 总生存期(OS，Overall Survival)：是指从随机化(random assignment)开始至因任何原因引起死亡(death)的时间(失访患者为最后一次随访时间；研究结束时仍然存活患者，为随访结束日)。
2) 中位生存期：又称半数生存期，表示恰好有50％的个体尚存活的时间。由于截尾数据的存在，计算不同于普通的中位数，利用生存曲线，令生存率为50%时，推算出生存时间。
overall survival (OS)
从随机化开始至（因任何原因）死亡的时间。对于死亡之前就已经失访的受试者，通常将最后一次随访时间计算为死亡时间。
OS 被认为是肿瘤临床试验中最佳的疗效终点，当患者的生存期能充分评估时，它是首选终点。
如果看到一个药物临床试验数据报告OS时间越久，就说明药物给患者带来的生存期越久。这是患者和医生最关心的问题，多年来一直被认为是评估肿瘤临床获益的“金标准”，一般临床试验以中位OS来表示，即50%的患者达到的生存时间。
OS作为评估指标而言，最大的优点是记录方便，确定患者死亡的日期容易比较容易。
对研究数据收集而言，也有缺点的，大型试验随访期较长。临床试验中常常会用到 5 年生存率，即某种肿瘤经过各种综合治疗后，生存5年以上的患者比例。
所以临床评估数据中常常会出现5年生存率，如果一个药物的5年生存率很高，那么这个药物疗效也是不错的。
肿瘤反应的疗效评价指标
1）无病生存期(DFS，Disease Free Survival)：是指从随机化开始至第一次肿瘤复发/转移或由于任何原因导致受试者死亡的时间(失访患者为最后一次随访时间；研究结束时仍然存活患者，为随访结束日)。
①通常作为根治术后的主要疗效指标。
②与OS相比需要样本量更少，两组间PFS的差异往往会比两组间OS的差异更大，也就是说我们需要更少的事件数来检验出差异.
③目前对DFS存在不同定义和解释，不同研究者之间在判断疾病复发或进展时容易产生偏倚。
2) 中位DFS：又称半数无病生存期，表示恰好有50％的个体未出现复发/转移的时间。
3) 无进展生存期(PFS，Progress Free Survival)：指从随机分组开始到第一次肿瘤进展或死亡时间。
①通常作为晚期肿瘤疗效评价的重要指标。
②目前对PFS存在不同定义和解释，不同研究者之间在判断疾病复发或进展时容易产生偏倚。
4) 疾病进展时间(TTP，Time To Progress)：指从随机分组开始到第一次肿瘤客观进展的时间。
①与PFS唯一不同在于PFS包括死亡，而TTP不包括死亡。因此PFS更能预测和反应临床收益，与OS一致性更好。
②在导致死亡的非肿瘤原因多于肿瘤原因的情况下，TTP是一个合适的指标
5) 客观缓解率(ORR，Objective response rate)：是指肿瘤缩小达到一定量并且保持一定时间的病人的比例(主要针对实体瘤)，包含完全缓解(CR，Complete Response)和部分缓解(PR，Partial Response)的病例。
①客观缓解率是II期试验的主要疗效评价指标，可提供药物具有生物活性的初步证据。但一般不作为III期临床试验的主要疗效指标。
6) 缓解持续时间(DOR，Duration of Response)：是指肿瘤第一次评估为CR或PR开始到第一次评估为PD(Progressive Disease)或任何原因死亡的时间。
7) 治疗失败的时间(TTF，Time To Failure)：是指从随机化开始至治疗中止/终止的时间，包括任何中止/终止原因，如疾病进展、死亡、由于不良事件退出、受试者拒绝继续进行研究或者使用了新治疗的时间。
①TTF综合了有效性与毒性的评价，是一个具有综合特性的指标，不推荐作为单独支持药物批准的疗效指标
8) 疾病控制率(DCR，Disease Control Rate)：是指肿瘤缩小或稳定且保持一定时间的病人的比例(主要针对实体瘤)，包含完全缓解(CR，Complete Response)、部分缓解(PR，Partial Response)和稳定(SD，Stable Disease)的病例。
9) 疾病控制时间(DDC，duration of disease control)：是指肿瘤第一次评估为CR、PR或SD开始到第一次评估为PD(Progressive Disease)或任何原因死亡的时间。
recurrence-free survival (RFS) 无复发生存期 (RFS)【区别于PFS】
不同指标间的关系
Progression-free survival (PFS), the time from treatment initiation until disease progression or worsening, may be used as a direct or surrogate measure of clinical benefit for drug approvals, depending on the disease and response observed, while overall survival (OS), the duration of patient survival from the time of treatment initiation, is a universally-accepted direct measure of clinical benefit.
分析方法
Kaplan–Meier method
Cox regression analysis
prognostic nomograms 预后列线图
Gene set enrichment analysis (GSEA)
数据库
The Cancer Genome Atlas (TCGA)
level 1 data
level 2 data
level 3 data
The Human Protein Atlas