同源序列比对和进化树的绘制（转）

转自：果子学生信 微信公众号

题目：结合本研究领域，利用核酸（NCBI、EMBL和DDBJ）和蛋白质（SWISSPROT）找出你感兴趣的基因或蛋白质，并找出其同源的基因或者蛋白，分析它们的进化历史

解答：

1.找出感兴趣基因或蛋白的序列

2.找出其同源的基因或蛋白

3.净化分析

如何获取感兴趣的基因（蛋白、miRNA、lncRNA等）：1.移植性研究，看文献，移花接木；2.原创性研究，前期芯片和测序的结果，筛选出差异基因；3.数据库挖掘，找别人数据里面潜在的信息；4.合作。

本课程的示例蛋白：APOBEC3A

1.得到上一期课程中查询得到的该蛋白质的序列

>AKE33285.1 APOBEC3A [Homo sapiens]
MEASPASGPRHLMDPHIFTSNFNNGIGRHKTYLCYEVERLDNGTSVKMDQHRGFLHNQAKNLLCGFYGRH
AELRFLDLVPSLQLDPAQIYRVTWFISWSPCFSWGCAGEVRAFLQENTHVRLRIFAARIYDYDPLYKEAL
QMLRDAGAQVSIMTYDEFKHCWDTFVDHQGCPFQPWDGLDEHSQALSGRLRAILQNQGN

2.搜索同源蛋白

1.进入NCBI，使用网页版BLAST工具

2.选择功能

3.填写参数，运行

4.基本解释：从上到下依次是：基本情况、保守区域、图形展示、比对的同源序列和得分、

5.选前30条结果，做多重比对

6.下载保存

3.画出进化树

1.下载安装MEGA

2.convert file to MEGA

3.回到主程序，打开刚保存的文件，选蛋白

4.第一个按钮是序列比对的结果，我们选择做进化树，选第二个 neighbor joining

5.结果就出来了

6.美化结果

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附录：

常见的建树方法

建树的功能

• 推断基因/蛋白的功能
• 基因/ 蛋白家族分类
• 计算基因分化的年代