个人学习随笔（psi-blast随笔）

psi-blast学习

 　　最近自己学习了一些新工具，最近在学习关于蛋白质相互作用位点的预测，在学习中，接触了几个新的工具，下面说说自己正在学习的psi-blast。

　　 首先要说我用psi-blast用来做什么，在提取特征时，我需要用到pssm矩阵（保守性得分），用psi-blast可以得到我所需要的.pssm文件，该文件的内容就是我所需要的。

psi-blast的输入文件是.fasta文件，输出时按照自己的需求设置输出文件的格式及路径。

python调用Shell脚本具体实例代码如下：

　　 

import os
import datetime
start=datetime.datetime.now()
names=[name for name in os.listdir('//home/liuff170/input') if os.path.isfile(os.path.join('//home/liuff170/input//', name))]
for each_item in names:
    uniprotid=each_item.split('.')[0]
    path='/home/liuff170/input/' + each_item
    cmd='psiblast -evalue 10 -num_iterations 3 -db /home/liuff170/db/swissprot -query ' + path + ' -outfmt 0 -out /home/liuff170/blastout/out/'+uniprotid+'.fm0 -out_ascii_pssm /home/liuff170/blastout/pssm/'+uniprotid+'.pssm -num_alignments 1500 -num_threads 22'
    #print(cmd)
    os.system(cmd)
end=datetime.datetime.now()
print(end-start)

cmd=‘’里面是置运行psi-blast所需要的参数，-num_iterations 3迭代三次，
-outfmt 输出.out文件
-out_ascii_pssm 输出.pssm文件