NSIS是最好的免费打包工具，功能强大。暴风影音，ppstream,QQ,搜狗拼音,flashget等知名软件都是用它打包的，而且学习简单，下几个例子就会了，缺点和INNO一样，都是脚本的，没有方便的GUI向导，（其实第三方工具是有GUI代码生成器的）这个论坛有比较丰富的案例http://www.dreams8.com/forum-66-1.html
INNO和installshield现在都有解包器了，我指的不是资源解包，而是源码解包，不安全。
Setupfactory是傻瓜式部署工具，GUI向导很人性化极易上手，几乎不要代码。但扩充功能少了些，多国语言支持一般。6.0是经典，7.0发现反而难用很多。
Dot net自带的在部署.net程序上有优势，但扩充功能较少。
还有Wise，不过感觉类似Install shield，而且界面不是很好看。
另：NSIS只有几十Kb到100多KB的开销，所以他的出的包最小了。
上述常用部署工具，只有INNO和NSIS是免费的，其他都是收费的，滥用盗版可能会被起诉。