参考微软社区的一个答复解决了VS2013的问题：
进入VS对应的用户缓存文件夹，删掉那个Microsoft.VisualStudio.Default.cache缓存文件，就可以了。
这个错误估计是我们正在用VS开发时，某些系统更新（360等）程序进行了VS相关或者Framework相关的升级导致的。
In order to fix the issue one needs to clear the VS cache under:
%LOCALAPPDATA%MicrosoftVisualStudio12.0ComponentModelCache
This solution from: http://kuebiko.blogspot.ru/2013/07/setsite-failed-for-package.html.
原文URL：https://social.msdn.microsoft.com/Forums/vstudio/en-US/7b387d74-d698-4769-8936-7e5dd273fd6c/how-do-i-fix-the-vs-error-message-the-gitcollaborationpackage-package-did-not-load-correct?forum=visualstudiogeneral