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  • plink --flip 命令实现正负链的反转

    plink --filp命令实现正负链的反转

    1、

    [root@centos79 test]# ls   ## 测试数据如下, 8个位点,  8个样本
    a.txt  outcome.map  outcome.ped
    [root@centos79 test]# cat outcome.map
    1       snp1    0       55910
    1       snp2    0       85204
    1       snp3    0       122948
    1       snp4    0       203750
    1       snp5    0       312707
    1       snp6    0       356863
    1       snp7    0       400518
    1       snp8    0       487423
    [root@centos79 test]# cat outcome.ped
    DOR     1       0       0       0       -9      G G     C C     G G     G G     A G     A A     G G     G C
    DOR     2       0       0       0       -9      G G     G C     G G     G G     G G     A A     A G     C C
    DOR     3       0       0       0       -9      G G     C C     G G     G G     G G     A A     A G     G C
    DOR     4       0       0       0       -9      G G     C C     G G     G G     G G     A A     G G     G G
    DOR     5       0       0       0       -9      G G     C C     G G     G G     G G     A A     A G     G C
    DOR     6       0       0       0       -9      G G     C C     G G     G G     G G     A A     A A     C C
    DOR     7       0       0       0       -9      G G     C C     G G     A G     A A     A A     G G     C C
    DOR     9       0       0       0       -9      G G     C C     G G     A G     A A     A A     G G     C C
    [root@centos79 test]# cat a.txt   ## 指定反转的位点,是指定的snp的ID
    snp1
    snp2
    snp3
    snp4
    snp5
    snp6
    snp7
    snp8
    [root@centos79 test]# plink --file outcome --flip a.txt --recode tab --out 111 &> /dev/zero
    [root@centos79 test]# ls
    111.log  111.map  111.nosex  111.ped  a.txt  outcome.map  outcome.ped
    [root@centos79 test]# cat 111.ped   ## 反转的结果是碱基 A-T;C-G之间的互换
    DOR     1       0       0       0       -9      C C     G G     C C     C C     T C     T T     C C     C G
    DOR     2       0       0       0       -9      C C     C G     C C     C C     C C     T T     T C     G G
    DOR     3       0       0       0       -9      C C     G G     C C     C C     C C     T T     T C     C G
    DOR     4       0       0       0       -9      C C     G G     C C     C C     C C     T T     C C     C C
    DOR     5       0       0       0       -9      C C     G G     C C     C C     C C     T T     T C     C G
    DOR     6       0       0       0       -9      C C     G G     C C     C C     C C     T T     T T     G G
    DOR     7       0       0       0       -9      C C     G G     C C     T C     T T     T T     C C     G G
    DOR     9       0       0       0       -9      C C     G G     C C     T C     T T     T T     C C     G G
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