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automake 所产生的 Makefile 除了可以做到程序的自动编译和链接外，还可以用来生成各种文档（如manual page、info文件），可以将源代码文件包装起来以供发布。所以程序源代码所存放的目录结构最好符合GNU的标准惯例。下面以hello.c程序生成Makefile文件作为例子。
1,在当前目录下创建一个名为hello的子目录。hello这个目录用于存放 hello.c这个程序及相关文件。新建一个源程序文件hello.c
int main(int argc, char** argv)
{
printf("Welcome to use autoconf and automake\n");
return 0;
}
2,执行autoscan命令生成一个名为configure.scan文件：
3,将configure.scan改名为configure.in：
4,打开configure.in，将该文件修改为以下内容：
AC_INIT(hello.c)
AM_INIT_AUTOMAKE(hello, 1.0)
# Checks for programs.
AC_PROG_CC
# Checks for libraries.
# Checks for header files.
# Checks for typedefs, structures, and compiler characteristics.
# Checks for library functions.
AC_OUTPUT(Makefile)
5,然后执行以下两个命令，分别生成aclocal.m4和configure文件：
autoconf
6,新建四个空白文件，分别命名为NEWS,README,AUTHORS,ChangeLog。
touch README
touch AUTHORS
touch ChangeLog
7,创建一个名为Makefile.am的文件，并输入以下内容：
bin_PROGRAMS= hello
hello_SOURCES= hello.c
8,执行命令“automake --add-missing”，automake 会根据Makefile.am 文件产生一些文件，其中包含最重要的Makefile.in
9,最后执行“./configure”命令生成Makefile文件
10,生成Makefile文件后，就可以执行“make”命令来编译hello.c程序，从而生成可执行程序hello。生成可执行程序hello后，执行。
./hello
Welcome to use autoconf and automake
归纳一下这个例子的流程。
（1）在存放源代码的目录下执行autoscan命令生成configure.scan文件。
（2）将configure.scan文件改名为configure.in，并对其默认配置进行修改。
（3）执行aclocal、autoconf两个命令，分别生成aclocal.m4、configure文件。
（4）创建一个名为Makefile.am的文件，并输入相应的内容。
（5）执行automake --add-missing，它根据Makefile.am文件，生成Makefile.in。
（6）执行./configure脚本文件，它根据Makefile.in文件，生成最终的Makefile文件。
通过以上步骤，在源代码所在目录下自动生成了Makefile文件。
configure.in文件
autoconf是用来产生“configure”文件的工具。“configure”是一个Shell脚本，它可以自动设定一些编译参数使程序能够在不同平台上进行编译。autoconf读取configure.in 文件然后产生''configure''这个Shell脚本。
configure.in 文件的内容是一系列GNU m4 的宏，这些宏经autoconf处理后会变成检查系统特性的Shell脚本。configure.in文件中宏的顺序并没有特别的规定，但是每一个configure.in 文件必须以宏AC_INIT开头，以宏AC_OUTPUT结束。一般可先用autoscan这个工具扫描原始文件以产生一个configure.scan 文件，再对configure.scan 作些修改，从而生成 configure.in 文件
configure.in 文件中一些宏的含义如下。
l #或dnl：#或dnl后面的内容作为注释不会被处理，它们是注释的起始标志。
l AC_INIT(FILE)：该宏用来说明源代码所在路径，如上例中的AC_INIT(hello.c)，表明源代码在当前目录下，名为hello.c。
l AM_INIT_AUTOMAKE(PACKAGE,VERSION)：这个是后面运行automake命令所必需的宏，PACKAGE指明要产生软件的名称，VERSION 是其版本号。
l AC_PROG_CC：检查系统可用的C编译器，若源代码是用C语言编写的就需要这个宏。
l AC_OUTPUT(FILE)：设置configure命令所要产生的文件。我们最终期望产生Makefile
这个文件，因此一般将其设置为AC_OUTPUT(Makefile)。
在运行automake命令时，还需要一些其他的宏，这些额外的宏由aclocal产生。执行aclocal会产生aclocal.m4文件，如果没有特别的要求，无需修改它。用 aclocal产生的宏将会提示automake如何动作。
另一个重要的文件是Makefile.am。automake根据configure.in中的宏并在perl的帮助下把Makefile.am转成Makefile.in文件。Makefile.am 文件定义所要产生的目标。
Makefile.am文件
Makefile.am文件中几个预定的选项的含义如下所示。
l AUTOMAKE_OPTIONS：它用于设置automake的选项。automake 主要是帮助开发 GNU 软件的人员来维护软件，所以在执行automake 时，会检查目录下是否存在标准GNU软件中应具备的文件，例如“NEWS”、“AUTHOR”、“ChangeLog”等文件。设置为foreign 时，automake 会改用一般软件的标准来进行检查。
l bin_PROGRAMS：定义要产生的可执行程序的文件名。如果要产生多个可执行文件，每个文件名用空白符隔开。
l hello_SOURCES：定义“hello”这个可执行程序所需要的原始文件。如果“hello”这个程序是由多个原始文件产生的，必须把它所用到的所有原始文件都列出来，并以空白符隔开。假设“hello”还需要“hello.c”、“main.c”、“hello.h”3个文件，则定义hello_SOURCES= hello.c main.c hello.h。如果定义多个可执行文件，则对每个可执行程序都要定义相应的filename_SOURCES，其中filename为要生成的可执行程序的文件名。
编辑好Makefile.am文件后，就可以使用命令automake --add-missing生成Makefile.in。加上--add-missing这个选项是用来提示automake加入包装一个软件所必需的文件，如果不使用该选项，automake可能会报告缺少了某些文件。automake产生出来的 Makefile.in文件是完全符合GNU Makefile规定的，只要执行 configure这个Shell脚本便可以产生合适的Makefile文件了。
如何使用产生的Makefile文件
执行configure脚本文件所产生的Makefile文件有几个预定的选项可供使用。
l make all：产生设定的目标，即生成所有的可执行文件。使用make也可以达到此目的。
l make clean：删除之前编译时生成的可执行文件及目标文件（形如*.o的中间文件）。
l make distclean：除了删除可执行文件和目标文件以外，把configure所产生的 Makefile文件也清除掉。通常在发布软件前执行该命令。
l make install：将使用make all或make命令产生的可执行文件以软件的形式安装到系统中。若使用bin_PROGRAMS宏，程序将会被安装到 /usr/local/bin下，否则安装到预定义的目录下。
l make dist：将程序和相关的文档包装为一个压缩文档以供发布。执行完该命令，在当前目录下会产生一个名为PACKAGE-VERSION.tar.gz的文件。PACKAGE 和 VERSION 这两个参数是来自configure.in文件中的AM_INIT_AUTOMAKE(PACKAGE,
VERSION)。如在上个例子中执行make dist命令，会产生名为“hello-1.0.tar.gz”的文件。
l make distcheck：与make dist类似，但是加入了检查包装以后的压缩文件是否正常。
相关阅读：
http://www.ibm.com/developerworks/cn/linux/l-makefile/