正如@梁海所说，“不含 BOM 的 UTF-8 才是标准形式”，的确是这样，无BOM使用得更多些，所以个人还是推荐一般情况下用无BOM的形式吧，除非有问题的时候，再考虑换有BOM的。Windows系统保存的都是有BOM的，所以你可以看到，用记事本保存一个UTF-8的txt，其实是有BOM的，这一点需要注意。另外不同的文本编辑器对于有无BOM的称呼也略有不同，比如EditPlus，有BOM的称为UTF-8+，无BOM的称为UTF-8，而在Notepad++中，有BOM的被称为标准UTF-8，而无BOM则被称为UTF-8无BOM。
所以不含 BOM 的 UTF-8 才是标准形式，在 UTF-8 文件中放置 BOM 主要是微软的习惯（顺便提一下：把带有 BOM 的小端序 UTF-16 称作「Unicode」而又不详细说明，这也是微软的习惯）。
BOM（byte order mark）是为 UTF-16 和 UTF-32 准备的，用于标记字节序（byte order）。微软在 UTF-8 中使用 BOM 是因为这样可以把 UTF-8 和 ASCII 等编码明确区分开，但这样的文件在 Windows 之外的操作系统里会带来问题。
首先，BOM是啥。这个就不解释了，Wikipedia上很详细。http://en.wikipedia.org/wiki/Byte_order_mark。
在网页上使用BOM是个错误。BOM设计出来不是用来支持HTML和XML的。要识别文本编码，HTML有charset属性，XML有encoding属性，没必要拉BOM撑场面。虽然理论上BOM可以用来识别UTF-16编码的HTML页面，但实际工程上很少有人这么干。毕竟UTF-16这种编码连ASCII都双字节，实在不适用于做网页。
其实说BOM是个坏习惯也不尽然。BOM也是Unicode标准的一部分，有它特定的适用范围。通常BOM是用来标示Unicode纯文本字节流的，用来提供一种方便的方法让文本处理程序识别读入的.txt文件是哪个Unicode编码（UTF-8，UTF-16BE，UTF-16LE）。Windows相对对BOM处理比较好，是因为Windows把Unicode识别代码集成进了API里，主要是CreateFile()。打开文本文件时它会自动识别并剔除BOM。Windows用这个有历史原因，因为它最初脱胎于多代码页的环境（ANSI环境）。而引入Unicode时Windows的设计者又希望能在用户不注意的情况下同时兼容Unicode和非Unicode（Multiple byte）文本文件，就只能借助这种小trick了。相比之下，Linux这样的系统在多locale的环境中浸染的时间比较短，再加上社区本身也有足够的动力轻装前进（吐槽：微软对兼容性的要求确实是到了非常偏执的地步，任何一点破坏兼容性的做法都不允许，以至于很多时候是自己绑住自己的双手），所以干脆一步到位进入UTF-8。当然中间其实有一段过渡期，比如从最初全UTF-8的GTK+2.0发布到基本上所有GTK开发者都弃用多locale的GTK+1.2，我印象中至少经历了三到四年。
BOM不受欢迎主要是在UNIX环境下，因为很多UNIX程序不鸟BOM。主要问题出在UNIX那个所有脚本语言通行的首行#!标示，这东西依赖于shell解析，而很多shell出于兼容的考虑不检测BOM，所以加进BOM时shell会把它解释为某个普通字符输入导致破坏#!标示，这就麻烦了。其实很多现代脚本语言，比如Python，其解释器本身都是能处理BOM的，但是shell卡在这里，没办法，只能躺着也中枪。说起来这也不能怪shell，因为BOM本身违反了一个UNIX设计的常见原则，就是文档中存在的数据必须可见。BOM不能作为可见字符被文本编辑器编辑，就这一条很多UNIX开发者就不满意。
顺便说一句，即使脚本语言能处理BOM，随处使用BOM也不是推荐的办法。各个脚本语言对Unicode的处理都有自己的一套，Python的 # -*- coding: utf-8 -*-，Perl的use utf8，都比BOM简单而且可靠。另一个好消息是，即使是必须在Windows和UNIX之间切换的朋友也不会悲催。幸亏在UNIX环境下我们还有VIM这种神器，即使遇到BOM挡道，我们也可以通过 set nobomb; set fileencoding=utf8; w 三条命令解决问题。
最后回头想想，似乎也真就只有Windows坚持用BOM了。