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  • [转]Scikit-learn使用总结

    1 scikit-learn基础介绍

    1.1 估计器(Estimator)

    估计器,很多时候可以直接理解成分类器,主要包含两个函数:

    • fit():训练算法,设置内部参数。接收训练集和类别两个参数。
    • predict():预测测试集类别,参数为测试集。
      大多数scikit-learn估计器接收和输出的数据格式均为numpy数组或类似格式。

    1.2 转换器(Transformer)

    转换器用于数据预处理和数据转换,主要是三个方法:

    • fit():训练算法,设置内部参数。
    • transform():数据转换。
    • fit_transform():合并fit和transform两个方法。

    1.3 流水线(Pipeline)

    sklearn.pipeline

    流水线的功能:

    • 跟踪记录各步骤的操作(以方便地重现实验结果)
    • 对各步骤进行一个封装
    • 确保代码的复杂程度不至于超出掌控范围

    基本使用方法

    流水线的输入为一连串的数据挖掘步骤,其中最后一步必须是估计器,前几步是转换器。输入的数据集经过转换器的处理后,输出的结果作为下一步的输入。最后,用位于流水线最后一步的估计器对数据进行分类。
    每一步都用元组( ‘名称’,步骤)来表示。现在来创建流水线。

    scaling_pipeline = Pipeline([
      ('scale', MinMaxScaler()),
      ('predict', KNeighborsClassifier())
    ])
    

    1.4 预处理

    主要在sklearn.preprcessing包下。

    规范化:

    • MinMaxScaler :最大最小值规范化
    • Normalizer :使每条数据各特征值的和为1
    • StandardScaler :为使各特征的均值为0,方差为1

    编码:

    • LabelEncoder :把字符串类型的数据转化为整型
    • OneHotEncoder :特征用一个二进制数字来表示
    • Binarizer :为将数值型特征的二值化
    • MultiLabelBinarizer:多标签二值化

    1.5 特征

    1.5.1 特征抽取

    包:sklearn.feature_extraction
    特征抽取是数据挖掘任务最为重要的一个环节,一般而言,它对最终结果的影响要高过数据挖掘算法本身。只有先把现实用特征表示出来,才能借助数据挖掘的力量找到问题的答案。特征选择的另一个优点在于:降低真实世界的复杂度,模型比现实更容易操纵。
    一般最常使用的特征抽取技术都是高度针对具体领域的,对于特定的领域,如图像处理,在过去一段时间已经开发了各种特征抽取的技术,但这些技术在其他领域的应用却非常有限。

    • DictVectorizer: 将dict类型的list数据,转换成numpy array
    • FeatureHasher : 特征哈希,相当于一种降维技巧
    • image:图像相关的特征抽取
    • text: 文本相关的特征抽取
    • text.CountVectorizer:将文本转换为每个词出现的个数的向量
    • text.TfidfVectorizer:将文本转换为tfidf值的向量
    • text.HashingVectorizer:文本的特征哈希

    示例

     
    data.png

    CountVectorize只数出现个数
     
    count.png
     
    hash.png

    TfidfVectorizer:个数+归一化(不包括idf)


     
    tfidf(without idf).png

    1.5.2 特征选择

    包:sklearn.feature_selection
    特征选择的原因如下:
    (1)降低复杂度
    (2)降低噪音
    (3)增加模型可读性

    • VarianceThreshold: 删除特征值的方差达不到最低标准的特征
    • SelectKBest: 返回k个最佳特征
    • SelectPercentile: 返回表现最佳的前r%个特征

    单个特征和某一类别之间相关性的计算方法有很多。最常用的有卡方检验(χ2)。其他方法还有互信息和信息熵。

    • chi2: 卡方检验(χ2)

    1.6 降维

    包:sklearn.decomposition

    • 主成分分析算法(Principal Component Analysis, PCA)的目的是找到能用较少信息描述数据集的特征组合。它意在发现彼此之间没有相关性、能够描述数据集的特征,确切说这些特征的方差跟整体方差没有多大差距,这样的特征也被称为主成分。这也就意味着,借助这种方法,就能通过更少的特征捕获到数据集的大部分信息。

    1.7 组合

    包:**sklearn.ensemble **
    组合技术即通过聚集多个分类器的预测来提高分类准确率。
    常用的组合分类器方法:
    (1)通过处理训练数据集。即通过某种抽样分布,对原始数据进行再抽样,得到多个训练集。常用的方法有装袋(bagging)和提升(boosting)。
    (2)通过处理输入特征。即通过选择输入特征的子集形成每个训练集。适用于有大量冗余特征的数据集。随机森林(Random forest)就是一种处理输入特征的组合方法。
    (3)通过处理类标号。适用于多分类的情况,将类标号随机划分成两个不相交的子集,再把问题变为二分类问题,重复构建多次模型,进行分类投票。

    • BaggingClassifier: Bagging分类器组合
    • BaggingRegressor: Bagging回归器组合
    • AdaBoostClassifier: AdaBoost分类器组合
    • AdaBoostRegressor: AdaBoost回归器组合
    • GradientBoostingClassifier:GradientBoosting分类器组合
    • GradientBoostingRegressor: GradientBoosting回归器组合
    • ExtraTreeClassifier:ExtraTree分类器组合
    • ExtraTreeRegressor: ExtraTree回归器组合
    • RandomTreeClassifier:随机森林分类器组合
    • RandomTreeRegressor: 随机森林回归器组合

    使用举例

    AdaBoostClassifier(DecisionTreeClassifier(max_depth=1),
    algorithm="SAMME",
    n_estimators=200)
    

    解释
    装袋(bagging):根据均匀概率分布从数据集中重复抽样(有放回),每个自助样本集和原数据集一样大,每个自助样本集含有原数据集大约63%的数据。训练k个分类器,测试样本被指派到得票最高的类。
    提升(boosting):通过给样本设置不同的权值,每轮迭代调整权值。不同的提升算法之间的差别,一般是(1)如何更新样本的权值,(2)如何组合每个分类器的预测。其中Adaboost中,样本权值是增加那些被错误分类的样本的权值,分类器C_i的重要性依赖于它的错误率。
    Boosting主要关注降低偏差,因此Boosting能基于泛化性能相当弱的学习器构建出很强的集成;Bagging主要关注降低方差,因此它在不剪枝的决策树、神经网络等学习器上效用更为明显。偏差指的是算法的期望预测与真实预测之间的偏差程度,反应了模型本身的拟合能力;方差度量了同等大小的训练集的变动导致学习性能的变化,刻画了数据扰动所导致的影响。

    1.8 模型评估(度量)

    包:sklearn.metrics
    sklearn.metrics包含评分方法、性能度量、成对度量和距离计算。
    分类结果度量
    参数大多是y_true和y_pred。

    • accuracy_score:分类准确度
    • condusion_matrix :分类混淆矩阵
    • classification_report:分类报告
    • precision_recall_fscore_support:计算精确度、召回率、f、支持率
    • jaccard_similarity_score:计算jcaard相似度
    • hamming_loss:计算汉明损失
    • zero_one_loss:0-1损失
    • hinge_loss:计算hinge损失
    • log_loss:计算log损失

    其中,F1是以每个类别为基础进行定义的,包括两个概念:准确率(precision)和召回率(recall)。准确率是指预测结果属于某一类的个体,实际属于该类的比例。召回率是被正确预测为某类的个体,与数据集中该类个体总数的比例。F1是准确率和召回率的调和平均数。

    回归结果度量

    • explained_varicance_score:可解释方差的回归评分函数
    • mean_absolute_error:平均绝对误差
    • mean_squared_error:平均平方误差

    多标签的度量

    • coverage_error:涵盖误差
    • label_ranking_average_precision_score:计算基于排名的平均误差Label ranking average precision (LRAP)

    聚类的度量

    • adjusted_mutual_info_score:调整的互信息评分
    • silhouette_score:所有样本的轮廓系数的平均值
    • silhouette_sample:所有样本的轮廓系数

    1.9 交叉验证

    包:sklearn.cross_validation

    • KFold:K-Fold交叉验证迭代器。接收元素个数、fold数、是否清洗
    • LeaveOneOut:LeaveOneOut交叉验证迭代器
    • LeavePOut:LeavePOut交叉验证迭代器
    • LeaveOneLableOut:LeaveOneLableOut交叉验证迭代器
    • LeavePLabelOut:LeavePLabelOut交叉验证迭代器

    LeaveOneOut(n) 相当于 KFold(n, n_folds=n) 相当于LeavePOut(n, p=1)。
    LeaveP和LeaveOne差别在于leave的个数,也就是测试集的尺寸。LeavePLabel和LeaveOneLabel差别在于leave的Label的种类的个数。
    LeavePLabel这种设计是针对可能存在第三方的Label,比如我们的数据是一些季度的数据。那么很自然的一个想法就是把1,2,3个季度的数据当做训练集,第4个季度的数据当做测试集。这个时候只要输入每个样本对应的季度Label,就可以实现这样的功能。
    以下是实验代码,尽量自己多实验去理解。

    #coding=utf-8
    import numpy as np
    import sklearnfrom sklearn
    import cross_validation
    X = np.array([[1, 2], [3, 4], [5, 6], [7, 8],[9, 10]])
    y = np.array([1, 2, 1, 2, 3])
    def show_cross_val(method):    
      if method == "lolo":        
        labels = np.array(["summer", "winter", "summer", "winter", "spring"])        
        cv = cross_validation.LeaveOneLabelOut(labels)          
      elif method == 'lplo':        
        labels = np.array(["summer", "winter", "summer", "winter", "spring"])        
        cv = cross_validation.LeavePLabelOut(labels,p=2)    
      elif method == 'loo':        
        cv = cross_validation.LeaveOneOut(n=len(y))    
      elif method == 'lpo':        
        cv = cross_validation.LeavePOut(n=len(y),p=3)    
      for train_index, test_index in cv:        
        print("TRAIN:", train_index, "TEST:", test_index)        
        X_train, X_test = X[train_index], X[test_index]        
        y_train, y_test = y[train_index], y[test_index]        
        print "X_train: ",X_train        
        print "y_train: ", y_train        
        print "X_test: ",X_test        
        print "y_test: ",y_test
    if __name__ == '__main__':    
      show_cross_val("lpo")
    

    常用方法

    • train_test_split:分离训练集和测试集(不是K-Fold)
    • cross_val_score:交叉验证评分,可以指认cv为上面的类的实例
    • cross_val_predict:交叉验证的预测。

    1.10 网格搜索

    包:sklearn.grid_search
    网格搜索最佳参数

    • GridSearchCV:搜索指定参数网格中的最佳参数
    • ParameterGrid:参数网格
    • ParameterSampler:用给定分布生成参数的生成器
    • RandomizedSearchCV:超参的随机搜索
      通过best_estimator_.get_params()方法,获取最佳参数。

    1.11 多分类、多标签分类

    包:sklearn.multiclass

    • OneVsRestClassifier:1-rest多分类(多标签)策略
    • OneVsOneClassifier:1-1多分类策略
    • OutputCodeClassifier:1个类用一个二进制码表示
      示例代码
    #coding=utf-8
    from sklearn import metrics
    from sklearn import cross_validation
    from sklearn.svm import SVC
    from sklearn.multiclass import OneVsRestClassifier
    from sklearn.preprocessing import MultiLabelBinarizer
    import numpy as np
    from numpy import random
    X=np.arange(15).reshape(5,3)
    y=np.arange(5)
    Y_1 = np.arange(5)
    random.shuffle(Y_1)
    Y_2 = np.arange(5)
    random.shuffle(Y_2)
    Y = np.c_[Y_1,Y_2]
    def multiclassSVM():
        X_train, X_test, y_train, y_test = cross_validation.train_test_split(X, y, test_size=0.2,random_state=0)
        model = OneVsRestClassifier(SVC())
        model.fit(X_train, y_train)
        predicted = model.predict(X_test)
        print predicted
    def multilabelSVM():
        Y_enc = MultiLabelBinarizer().fit_transform(Y)
        X_train, X_test, Y_train, Y_test = cross_validation.train_test_split(X, Y_enc, test_size=0.2, random_state=0)
        model = OneVsRestClassifier(SVC())
        model.fit(X_train, Y_train)
        predicted = model.predict(X_test)
        print predicted
    if __name__ == '__main__':
        multiclassSVM()
        # multilabelSVM()
    

    上面的代码测试了svm在OneVsRestClassifier的包装下,分别处理多分类和多标签的情况。特别注意,在多标签的情况下,输入必须是二值化的。所以需要MultiLabelBinarizer()先处理。

    2 具体模型

    2.1 朴素贝叶斯(Naive Bayes)

    包:sklearn.cross_validation

     
    朴素贝叶斯.png

    朴素贝叶斯的特点是分类速度快,分类效果不一定是最好的。

    • GasussianNB:高斯分布的朴素贝叶斯
    • MultinomialNB:多项式分布的朴素贝叶斯
    • BernoulliNB:伯努利分布的朴素贝叶斯

    所谓使用什么分布的朴素贝叶斯,就是假设P(x_i|y)是符合哪一种分布,比如可以假设其服从高斯分布,然后用最大似然法估计高斯分布的参数。

     
    高斯分布.png
     
    多项式分布.png
     
    伯努利分布.png

    3 scikit-learn扩展

    3.0 概览

    具体的扩展,通常要继承sklearn.base包下的类。

    • BaseEstimator: 估计器的基类
    • ClassifierMixin :分类器的混合类
    • ClusterMixin:聚类器的混合类
    • RegressorMixin :回归器的混合类
    • TransformerMixin :转换器的混合类

    关于什么是Mixin(混合类),具体可以看这个知乎链接。简单地理解,就是带有实现方法的接口,可以将其看做是组合模式的一种实现。举个例子,比如说常用的TfidfTransformer,继承了BaseEstimator, TransformerMixin,因此它的基本功能就是单一职责的估计器和转换器的组合。

    3.1 创建自己的转换器

    在特征抽取的时候,经常会发现自己的一些数据预处理的方法,sklearn里可能没有实现,但若直接在数据上改,又容易将代码弄得混乱,难以重现实验。这个时候最好自己创建一个转换器,在后面将这个转换器放到pipeline里,统一管理。
    例如《Python数据挖掘入门与实战》书中的例子,我们想接收一个numpy数组,根据其均值将其离散化,任何高于均值的特征值替换为1,小于或等于均值的替换为0。
    代码实现:

    from sklearn.base import TransformerMixin
    from sklearn.utils import as_float_array
    
    class MeanDiscrete(TransformerMixin):
      
      #计算出数据集的均值,用内部变量保存该值。  
      def fit(self, X, y=None):
            X = as_float_array(X)
            self.mean = np.mean(X, axis=0)
            #返回self,确保在转换器中能够进行链式调用(例如调用transformer.fit(X).transform(X))
            return self
    
        def transform(self, X):
            X = as_float_array(X)
            assert X.shape[1] == self.mean.shape[0]
            return X > self.mean
    


    作者:Cer_ml
    链接:https://www.jianshu.com/p/516f009c0875
    來源:简书
    简书著作权归作者所有,任何形式的转载都请联系作者获得授权并注明出处。
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