在开发过程中，第一步是设计程序的目录结构。建议创建三个主文件夹：第一个是public_files，用来保存所有可以访问的页面；第二个是lib，用来保存可以被其他文件调用的引用文件；最后一个是templates，用于保存页面显示文件。虽然php可以调用程序目录下的所有文件，但是Web服务器应该只允许外界访问public_files目录中的文件。把支持文件保存在外界可以访问的文件夹之外可以增强系统的安全性。
在public_files中，创建css子目录来保存样式表，js子目录保存Javascript文件以及img子目录保存图片文件。可能还需要创建其他文件夹保持代码结构的清晰性。例如，可以创建用于保存Mysql文件的sql目录、保存文档和开发笔记的doc目录，以及包含冒烟测试和单元测试代码的tests目录。