mysql5.5+的版本默认引擎都是InnoDB，早期的Mysql版本默认的存储引擎是myISAM
innodb：
1.事务操作
2.外键操作
3.行级锁，这是当有where条件的时候。没有where时，不知道在那一个范围进行搜索时，也是表锁.提供和 Oracle 一样的一致性的不加锁读取，能增加并发读的用户数量并提高性能，不会增加锁的数量。
4.写的速度快，这是建立在索引的更新操作上
5.InnoDB 的设计目标是处理大容量数据时最大化性能，它的 CPU 利用率是其他所有基于磁盘的关系数据库引擎中最有效率的,在技术上，InnoDB 是一套放在 MySQL 后台的完整数据库系统，InnoDB 在主内存中建立其专用的缓冲池用于高速缓冲数据和索引。 InnoDB 把数据和索引存放在表空间里，可能包含多个文件，这与其它的不一样，举例来说，在 MyISAM 中，表被存放在单独的文件中。InnoDB 表的大小只受限于操作系统的文件大小，一般为 2 GB。
InnoDB所有的表都保存在同一个数据文件 ibdata1 中（也可能是多个文件，或者是独立的表空间文件）,相对来说比较不好备份，免费的方案可以是拷贝数据文件、备份 binlog，或者用 mysqldump。
myisam:
1.表级锁
2.读取速度快
3.索引压缩更好
4.更好和更快的auto_increment处理
myISAM的一个缺陷是崩溃后无法安全恢复。
MyISAM会将表存储在两个文件中：数据文件和索引文件，分别以.MYD和.MYI为扩展名
COUNT() 在 MyISAM 表中会非常快，而在InnoDB 表下可能会很痛苦。而主键查询则在InnoDB下会相当相当的快，但需要小心的是如果我们的主键太长了也会导致性能问题。大批的inserts 语句在 MyISAM下会快一些，但是updates 在InnoDB 下会更快一些——尤其在并发量大的时候。
myisam与innodb这两种引擎对索引的实现方式也不同。
myiasm是使用B-树的结构来实现主码，非主码，唯一索引。
innodb是使用B+树结构来实现主码，用B-树来实现非主码。
以下是一些细节和具体实现的差别：
1、InnoDB不支持FULLTEXT类型的索引。
2、InnoDB 中不保存表的具体行数，也就是说，执行select count(*) from table时，InnoDB要扫描一遍整个表来计算有多少行，但是MyISAM只要简单的读出保存好的行数即可。注意的是，当count(*)语句包含 where条件时，两种表的操作是一样的。
3、对于AUTO_INCREMENT类型的字段，InnoDB中必须包含只有该字段的索引，但是在MyISAM表中，可以和其他字段一起建立联合索引。
4、DELETE FROM table时，InnoDB不会重新建立表，而是一行一行的删除。
5、LOAD TABLE FROM MASTER操作对InnoDB是不起作用的，解决方法是首先把InnoDB表改成MyISAM表，导入数据后再改成InnoDB表，但是对于使用的额外的InnoDB特性(例如外键)的表不适用。
6、MyISAM的索引和数据是分开的，并且索引是有压缩的，内存使用率就对应提高了不少。能加载更多索引，而Innodb是索引和数据是紧密捆绑的，没有使用压缩从而会造成Innodb比MyISAM体积庞大不小。
7、InnoDB表的行锁也不是绝对的，假如在执行一个SQL语句时mysql不能确定要扫描的范围，InnoDB表同样会锁全表，例如update table set num=1 where name like “%aaa%”
使用两种的选择：如果你的数据执行大量的INSERT或UPDATE，出于性能方面的考虑，
应该使用InnoDB表。如果执行大量的SELECT，MyISAM是更好的选择。若需要使用事务处理，
但是原来的数据表使用的是myisam，就需要改为bdb或者innodb，这样基于myisam的程序，
将类型改为innodb后，其程序不用改动…… 综上所述，任何一种表都不是万能的，只有恰当的针对业务类型来选择合适的表类型，才能
最大的发挥MySQL的性能优势。
参考文献：http://www.cnblogs.com/myblog1314/archive/2013/06/05/3118370.html；
http://blog.csdn.net/xifeijian/article/details/20316775