360笔试算法题 AT变换

题目大致：顺序排列DNA链，只有A和T,例如ATTTAA，现在科学家改变该链，改变时可以单独改变一个字母，也可以把链里的字母两两交换。
求：最短的交换次数
例如：ATTTAA --> TTAATT   最少需要3次交换，先把第一个A换成目标T，接着把第3个和第5个交换，第4个和第6个交换。3次搞定

如果有更好的办法，欢迎点评，不足之处请提醒。

package com.motorye;

public class T360 {
    public static void main(String[] args) {
        /*Scanner scanner1 = new Scanner(System.in);
        String s1 = scanner1.nextLine();
        Scanner scanner2 = new Scanner(System.in);
        String s2 = scanner2.nextLine();*/
        String s1 = "ATTTAA";
        String s2 = "TTAATT";
        int totalTimes = 0;

        char[] s1_chars = s1.toCharArray();
        char[] s2_chars = s2.toCharArray();

        int s1_A = 0;
        int s2_A = 0;

        //这里取A的次数
        for(int i = 0; i<s1_chars.length; i++){
            if(s1_chars[i] == 'A'){
                s1_A++;
            }
            if(s2_chars[i] == 'A'){
                s2_A++;
            }
        }

         //两种极端，全等或全不等
        if(s1_A - s2_A == 0 || s1_A - s2_A == s1_chars.length){
            totalTimes += Math.abs(s1_A - s2_A);
        }else if(s1_A - s2_A != 0) {
            //这里写的else if 加条件，便于理解
            //二者A数目不一样时候，必须替换差值次。
            totalTimes += Math.abs(s1_A - s2_A);
            //换成数目一样的以后，再两两替换
            int k = 0;
            int j = 0;
            int i = k;
            while(true){

                if(k == s1_chars.length){
                    break;
                }
                if(j == s2_chars.length){
                    break;
                }
                if(s1_chars[k] == s2_chars[j]){
                    k++;
                    i = k;
                    j++;
                }else {
                    //不相等，那就往后查找，直到相等的
                    while (s1_chars[i] != s2_chars[j]){
                        if(i == s1_chars.length){
                            break;
                        }
                        i++;
                    }
                    totalTimes+=1;
                    k++;
                }
            }
        }
        System.out.println(totalTimes);
    }
}