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  • python scipy包进行GO富集分析p值计算

    最近总是有需要单独对某一个类型的通路进行超几何分布的p值计算,这里记录一下python包的计算方法

    使用scipy的stat里面的hypergeom.sf方法进行富集分析的p值计算

    hsaxxxxx AA and Linoleic metabolism KEGG pathways Pathways KEGG (Homo sapiens (human)) 59 17 3586 141 3.32E-11

    ------------ set in set background in background
    pathway 59 17 3586 141
    description k x m+n m

    x: the number of white balls drawn without replacement from an urn which contains both black and white balls.
    m: the number of white balls in the urn
    **n: ** the number of black balls in the urn
    **k: **number of balls drawn from the urn

    from scipy import stats
    #需要注意的是16是由17-1得到的
    stats.hypergeom.sf(16,3586,141, 59)
    

    R中的实现方式

    phyper(x, m, n, k, lower.tail=FALSE)
    
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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/raisok/p/11393289.html
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