blast+安装及简单使用

软件下载

wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.9.0/ncbi-blast+-2.9.0-src.tar.gz
tar zxvf ncbi-blast+-2.9.0-src.tar.gz
cd ncbi-blast+-2.9.0-src
./configure
make
make install

BLAST+的一般用法如下：
格式化数据库

makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname

参数说明:
-in：待格式化的序列文件
-dbtype：数据库类型，prot或nucl
-out：数据库名
蛋白序列比对蛋白数据库（blastp）

blastp -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8

参数说明:
-query： 输入文件路径及文件名
-out：输出文件路径及文件名
-db：格式化了的数据库路径及数据库名
-outfmt：输出文件格式，总共有12种格式，6是tabular格式对应BLAST的m8格式
-evalue：设置输出结果的e-value值
-num_descriptions：tabular格式输出结果的条数
-num_threads：线程数
核酸序列比对核酸数据库（blastn）以及核酸序列比对蛋白数据库（blastx）
与上面的blastp用法类似：

blastn -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8
blastx -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8

参考BGI参数，结果以xml格式输出时，只输出了5条比对结果

blastx  -evalue 1e-5  -num_threads  8 -db animal.fa -query All-Unigene.fa.9 -out All-Unigene.fa.9.blast.nr -outfmt 5 -max_target_seqs 5