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  • blast+安装及简单使用

    软件下载

    wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.9.0/ncbi-blast+-2.9.0-src.tar.gz
    tar zxvf ncbi-blast+-2.9.0-src.tar.gz
    cd ncbi-blast+-2.9.0-src
    ./configure
    make
    make install
    

    BLAST+的一般用法如下:
    格式化数据库

    makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname
    

    参数说明:
    -in:待格式化的序列文件
    -dbtype:数据库类型,prot或nucl
    -out:数据库名
    蛋白序列比对蛋白数据库(blastp)

    blastp -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8
    

    参数说明:
    -query: 输入文件路径及文件名
    -out:输出文件路径及文件名
    -db:格式化了的数据库路径及数据库名
    -outfmt:输出文件格式,总共有12种格式,6是tabular格式对应BLAST的m8格式
    -evalue:设置输出结果的e-value值
    -num_descriptions:tabular格式输出结果的条数
    -num_threads:线程数
    核酸序列比对核酸数据库(blastn)以及核酸序列比对蛋白数据库(blastx)
    与上面的blastp用法类似:

    blastn -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8
    blastx -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8
    

    参考BGI参数,结果以xml格式输出时,只输出了5条比对结果

    blastx  -evalue 1e-5  -num_threads  8 -db animal.fa -query All-Unigene.fa.9 -out All-Unigene.fa.9.blast.nr -outfmt 5 -max_target_seqs 5
    
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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/raisok/p/12425200.html
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