参考：https://www.sogou.com/link?url=DOb0bgH2eKh1ibpaMGjuy6YnbQPc3cuKbWqIy1k6SBFomuBEhdSpHkUUZED5fr2OTkh3_01_UomO4oOua-YE2A..
1、将sam文件转换成bam文件
$ samtools view -bS abc.sam > abc.bam
$ samtools view -b -S abc.sam -o abc.bam
2、提取比对到参考序列上的比对结果
$ samtools view -bF 4 abc.bam > abc.F.bam
3、提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果，只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可
$ samtools view -bF 12 abc.bam > abc.F12.bam
提取没有比对到参考序列上的比对结果
$ samtools view -bf 4 abc.bam > abc.f.bam
提取bam文件中比对到caffold1上的比对结果，并保存到sam文件格式
$ samtools view abc.bam scaffold1 > scaffold1.sam