植物基因组在染色体大小和数目上差异很大，在一些十字花科植物如拟南芥，只不过100 Mb差异，而在百合属中竟高达100000 Mb。但是基因的数目和类型并没有这样明显的差别。不同植物基因组之间大小差异是由于基因组内存在重复DNA的缘故（多倍性这是一种原因）。在植物进化过 程中，基因组大小变化是一种相对频繁的事件，但这些变化并不与基因多少及顺序变化相关联。基因数量及顺序的保守性称为同线性（colinearity）， 近来文献中越来越多地用共线性（synteny）来描述同线性（colinearity）和同源性（homeology）。共线性或同线性是一种令个惊奇 的现象，拟南芥（双子叶植物）和水稻（单子叶植物）是由2亿年前的共同祖先分枝进化而来的，但两个物种仍可检测到尽管比较低的共线性。当不同禾本科植物基 因组进行对齐和比较时，这种共线性就更加明显而有用。比如在玉米中鉴定到的重要农艺性状如颗粒重、抗虫性等性状，也与水稻的基因组序列相关。这使得鉴定这 些性状的基因变得容易。因为水稻基因组草图已经完成，许多数量性状位点（quantitative-trait loci，QTLs）也已经定位在水稻基因组图谱上。