Doxygen 1.8.3 支持使用外部索引和搜索工具来搜索 HTML 文档，包含一个基于 Xapian 的索引器和搜索引擎，可使用 Markdown 页面作为主页，@if 和 @cond 表达式支持逻辑处理等等。
Doxygen是一个编写软件参考文档的工具。 该文档是直接写在代码中，因此比较容易保持更新。 Doxygen 可以交叉引用文档和代码，使文件的读者可以很容易地引用实际的代码。